Lib.rs

• needletail

  FASTX 解析和 k-mer 方法

  v0.5.1 10K #k-mer #bioinformatics #fastq #fasta #kmer

• rust-htslib

  HTSlib 绑定和读取/写入 BAM 文件的高级 Rust API

  v0.47.0 3.7K #bam #bioinformatics #sequencing #htslib #pileup

• rasusa

  随机抽样读取或比对

  v2.1.0 120 app #coverage #fastq #bioinformatics #read-input #subsampling #command-output #alignment

• gsearch

  基因组分类，probminhash hnsw，基因组搜索

  v0.1.3 270 bin+lib #graph-database #hnsw #probminhash #bacteria

• thirdkind

  读取新ick、phyloXML 或 recPhyloXML 文件中的系统发育树，并构建允许 1、2 或 3 个协调级别的树表示

  v3.6.8 app #phylogenetic #svg #bioinformatics #newick #tree-node #recphyloxml #phylogeny

• proseg

  用于空间转录组学中细胞分割的概率性细胞分割

  v1.1.3 480 app #cell #csv #segmentation #probabilistic #spatial #xenium #transcript

• plascad

  用于质粒和引物设计、PCR 及相关的工具

  v0.6.9 120 app #primer #biology #plasmid #pcr #file-format #science-bioinformatics

• lightmotif

  用于使用位置权重矩阵进行生物基序扫描的轻量级平台加速库

  v0.8.0 460 #matrix #motif #bioinformatics #genomics #pssm

• 面条

  生物信息学I/O库

  v0.79.0 5.7K #file-format #bioinformatics #bam-format #io #vcf #bed #cram

• crispr_screen

  CRISPR筛选的快速且可配置的差异表达分析工具

  v0.2.8 app #crispr #bioinformatics #sg-rna #degs #cli

• minimap2

  libminimap2的绑定

  v0.1.20+minimap2.2.28 700 #bioinformatics #fasta #fastq #alignment

• rust-bio-tools

  基于Rust-Bio的快速且健壮的命令行工具集，用于生物信息学任务

  v0.42.2 280 app #bioinformatics #command-line-utilities #fuzzy-matching #csv #robust #rbt #vcf

• block-aligner

  使用自适应块算法计算全局和X-drop成对惩罚的序列到序列或序列到轮廓对齐的SIMD加速库

  v0.5.1 #simd #sequence-alignment #biology #edit-distance #alignment #string-distance

• atg

  在不同文件格式之间转换转录本

  v0.8.6 app #file-format #transcript #bioinformatics #genomics #genetic #genetics #annotations

• simpleaf

  使alevin-fry的使用更加简单的框架

  v0.17.1 120 app #preprocessor #single-cell #rna-seq #rna-velocity #single-nucleus

• finch

  对基因组数据进行最小独立排列局部敏感哈希（'MinHashing'）以及命令行操作工具

  v0.6.0 900 #sketch #bioinformatics #min-hash #sketches #command-line-interface

• bed-reader

  简单高效地读取和写入PLINK BED格式

  v1.0.5 170 #bioinformatics #genomics #plink #read-write #genotype #file-read #snps

• intspan

  IntSpan相关的生物信息学操作的命令行工具

  v0.7.7 440 bin+lib #range #json #command-line #bioinformatics #command-line-tool #run #links

• bio-seq

  位打包且类型良好的生物序列

  v0.13.0 #k-mer #dna #sequence #bioinformatics #genomics #kmer #data-encoding

• fasten

  用于运行fastq文件基本分析的脚本集合

  v0.8.3 bin+lib #fastq #bioinformatics #streaming #stdio

• alignoth

  从bam文件创建对齐图

  v0.12.1 app #plot #bam #vega-lite #alignments #html #generated #format-json

• classeq-cli

  classeq库的命令行接口

  v0.10.0 1.4K app #placement #dna #bioinformatics #phylogeny

• nail

  对齐推理工具

  v0.2.0 app #sequence-alignment #protein #biological #inference #m-mseqs2 #tool #find

• haddock-restraints

  生成用于HADDOCK的约束

  v0.5.0 app #restraints #haddock #bioinformatics #structural-biology #protein-docking #science-bioinformatics

• fqkit

  用于fastq文件操作的跨平台程序

  v0.4.10 240 app #fastq #reads #read #bio #barcode #hts

• exon

  科学数据处理和分析平台

  v0.31.0 500 #data-processing #file-extension #compression #arrow #data-science #data-analysis #biology

• kun_peng

  Kun-peng：一个超快速、低内存占用且准确的分类器，适用于所有

  v0.6.11 190 bin+lib #bioinformatics #exposome #metagenomics #microbiome #output-format #order

• light_phylogeny

  系统发育方法和函数

  v2.2.7 #系统发育 #newick #系统发育树 #phyloxml #recphyloxml #树结构 #系统发育学

• mehari

  Rust语言实现的变体效应预测

  v0.28.0 700 bin+lib #vcf #variant #prediction #transcript #effect #genetic #genomic

• perbase

  快速且准确的每碱基 BAM/CRAM 分析

  v0.10.0 280 bin+lib #depth #生物信息学 #genomic #coverage #input-file

• verify-same-kmer-content

  验证 SPSS 是否与一组 unitigs 具有相同的 kmer 内容

  v1.3.1 app #k-mer #set #content #verify #genomic #sequence #fasta

• sigalign

  一种基于相似性的对齐算法

  v0.4.0 150 #生物信息学 #核酸 #bio #alignment

• sourmash

  用于使用 k-mer sketches 比较生物序列的工具

  v0.15.1 500 #生物信息学 #min-hash #sketch #data #genomics #k-mer #sequences

• rnapkin

  用于绘制 RNA 二级结构的 CLI 工具

  v0.3.9 bin+lib #rna #生物信息学 #draw #fold #二级结构 #command-line-tool #vector-graphics

• fqtk

  用于处理 FASTQ 文件的工具包

  v0.3.1 130 bin+lib #生物信息学 #genomic #genomics #command-line #txt-file

• rust-lapper

  一个快速且易于使用的区间重叠库

  v1.1.0 11K #interval-tree #interval #range #tree #生物信息学 #genomic

• wdl

  工作流描述语言 (WDL) 文档的词法分析、解析、验证和 linting

  v0.7.0 160 bin+lib #workflow #validation #language #linting #生物信息学 #parser #description

• kmerutils

  Kmer 计数、哈希、序列草图

  v0.0.11 bin+lib #k-mer #kmer #genomics #bloom-filter #hash #sketching #file-server

• give_a_sheet

  为各种nf-core管道生成输入样本表的工具包

  v0.1.1 app #bioinformatics #data #reproducibility #science

• fasta-stats

  FASTA（生物序列）数据的描述性统计

  v0.3.1 app #fasta #statistics #sequence #biological #data #compute #descriptive

• coprosize

  粪便化石研究（古生物学和考古学）：使用回归模型根据粪便化石直径估计生产者的体重

  v1.0.4 bin+lib #biology #bioinformatics #paleontology #archaeology #science

• bustools

  与scRNAseq数据的kallisto/bus格式进行交互

  v0.14.1 750 #bus #kallisto #single-cell #rna-seq #scrnaseq #rnaseq

• varlociraptor

  使用潜在变量模型调用基因组变异

  v8.4.10 390 bin+lib #variant #genomic #calling #model #scenario #novel #approach

• spiking_neural_networks

  用于设计和模拟具有神经递质的生物神经网络动力学的软件包

  v0.23.2 900 #neural-network #neuron #neural #neuroscience #neurotransmission #biophysics

• coverm

  元基因组读取覆盖度计算器

  v0.7.0 bin+lib #coverage #read #metagenomics #bam #calculator #genome #dna

• scidataflow

  用于管理科学研究项目数据的命令行工具

  v0.8.11 290 bin+lib #bioinformatics #data-science #data-management #science #reproducibility #command-line-tool #data

• consalifold

  结合结构比对错误校正的共识二级结构预测器

  v0.1.17 bin+lib #error-correction #rna #bioinformatics #secondary-structure

• oarfish

  一款快速、准确且通用的长读长转录量计算工具

  v0.5.1 250 app #rna-seq #quantification #long-read #transcriptomics

• compact-genome

  基因组表示

  v3.0.0 390 #genome #compact #bioinformatics #representation #string

• fxtools

  一组命令行Fasta/Fastq实用工具

  v0.2.34 380 app #bioinformatics #sequencing #cli

• ska

  分k-mer分析

  v0.3.10 170 bin+lib #k-mer #bioinformatics #sequencing #genomics #alignment

• fastobo

  适用于开放生物医学本体论的完美AST

  v0.15.2 210 #ast-parser #obo #ast #ontology #syntax #parser #file-format

• webgestalt

  使用ORA、GSEA或NTA计算不同分析物的富集的CLI

  v0.3.1 app #ora #cli #gsea #enrichment #nta #gmt #containing

• nwr

  nwr 是一个用于newick和分类的新命令行工具

  v0.7.2 bin+lib #command-line-tool #newick #tree #ncbi #taxonomy #bioinformatics #assembly

• chromsize

  仅获取您的染色体大小

  v0.0.2 230 bin+lib #size #fasta #chromosome #genome

• grumpy

  Rust中的遗传分析

  v0.1.14 800 bin+lib #gene #genome #vcf #analysis #genetic #mutate #difference

• ggca

  高效计算两个数据集所有配对之间的相关系数（皮尔逊、斯皮尔曼或肯德尔）和p值（双尾）

  v1.0.0 120 #correlation #expression #modulation #p-value #mrna

• nohuman

  从测序运行中移除人类读数

  v0.1.1 150 bin+lib #bioinformatics #metagenomics #contamination #genome

• ebiotic

  与常见的生物信息学网络服务交互

  v0.0.26 750 #web-services #bioinformatics #ncbi #ebi #genomics #biology #web-api

• psylink

  PsyLink神经接口的图形用户界面，用于接收/绘制生物信号并预测用户的意图

  v0.1.0 100 bin+lib #hardware #neuroscience #ai #bci #embedded #user-interface

• flowtigs

  计算宏基因组中DNA读数的De Bruijn图中flowtigs的算法

  v1.1.0 130 app #graph-algorithms #de #dna #algorithm #reads #calculating #bruijn

• moleco

  为化学化合物生成颜色样本

  v0.1.0 120 bin+lib #color #generate #mixture #primary-color #substance #swatches #size

• align-cli

  用于轻松对齐序列的命令行界面

  v0.4.0 app #mass-spectrometry #sequence-alignment #modification #pairwise #complex #information #line

• seqdupes

  压缩序列重复项

  v0.2.0 app #fasta #fastq #duplicates #sequence #remove #compression #deduplicate

• galah

  微生物基因组去重复化器

  v0.4.0 bin+lib #genome #cluster #clustering #ani #identity #dereplication #representative

• biotest

  为生物信息学生成随机测试数据

  v0.2.0 320 #random #test #bioinformatics #data #sequence #vcf #fastq

• seqsizzle

  一个用于查看FASTQ文件的分页器，允许不同适配器以不同颜色显示

  v0.1.4 app #fastq #fuzzy-matching #bioinformatics #pattern-matching #pager #visualization #genomic-sequencing

• alevin-fry

  一套用于快速、准确且节省内存的单细胞和单核测序数据处理工具

  v0.9.0 300 bin+lib #single-cell #rna-seq #preprocessor #single-nucleus #rna-velocity #data-processing #generate

• phylo

  一个用Rust编写的可扩展系统发育学库

  v0.3.0 550 #tree-traversal #phylogenetic #bioinformatics #data-structures

• stats_on_gff3

  计算诸如CDS GC3比率、内含子GC比率、侧翼基因区域GC比率、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比率等统计数据。例如：stats_on_gff3 Homo_sapiens…

  v0.1.26 140 app #gff3 #bioinformatics #fasta

• parasail-rs

  parasail的Rust绑定和包装，parasail是一个用于成对序列比对的SIMD C库

  v0.7.3 #bioinformatics #parasail #ffi #rust #alignment

• gfatk

  用于操作小到中等大小的GFA文件的命令行工具，特别是用于从基因组组装器MBG输出的工具

  v0.2.3 bin+lib #assembly #gfa #genome #command-line-tool

• classeq-watcher

  Classeq项目的监视器

  v0.10.0 1.4K app #bioinformatics #dna #placement #phylogeny

• atglib

  处理基因组学和转录组学中的转录本

  v0.2.3 110 #file-format #transcript #bioinformatics #genomics #genetics #genetic #transcriptomics

• genominicus

  绘制基因树

  v0.4.2 360 app #tree #gene #plot

• syntesuite

  待办事项

  v0.6.2 490 #file #encoded #tasks

• librna-sys

  ViennaRNA库的低级绑定

  v0.2.3 650 sys #bioinformatics #rna #ffi #sys #unsafe-bindings #viennarna #structure

• hyper-gen

  HyperGen 是一个高性能的 Rust 库，用于将基因组文件绘制成超向量，并实现快速的近似平均核苷酸身份 (ANI)

  v0.2.2 130 bin+lib #sketch #vector #nucleotide #average #identity #approximation #genomics

• wdl-analysis

  工作流描述语言 (WDL) 文档的分析

  v0.2.0 #analysis #workflow #language #document #description #wdl #bioinformatics

• mibig-taxa

  MIBiG 的 NCBI taxdump 处理

  v0.2.0 bin+lib #ncbi #command-line-tool #taxdump #cache #mi-bi-g #taxonomy #lookup

• archaea

  基因组分类，probminhash hnsw 古菌

  v0.0.12 bin+lib #hnsw #probminhash #bacteria

• vcf

  VCF 解析器

  v0.6.1 210 #bioinformatics #parser #flate2 #file #content #info

• fakit

  用于操作 fasta 文件的程序

  v0.3.8 150 app #fasta #sequence #file-format #bio #fa #compression-level

• ehxacto

  从 ExpansionHunter denovo 识别的近似区域中查找精确串联重复坐标

  v0.1.0 app #genomics #bioinformatics #tandem-repeats

• orthanq

  以不确定性感知的方式量化单倍型

  v1.7.7 320 bin+lib #model #haplotypes #haplotype #manner #quantify #uncertainty-aware #hla

• diced

  对识别全基因组或组装基因组中 CRISPR 的 MinCED 算法的重新实现

  v0.1.1 #crispr #repeat #bioinformatics #genomics

• genome-graph

  基因组图的表示

  v9.0.0 350 #graph-node #graph #genome #bioinformatics #representation

• nu_plugin_periodic_table

  Nushell 元素周期表插件

  v0.2.8 550 bin+lib #nushell-plugin #periodic #table #│ #elements #gas

• lightdock

  基于GSO算法的蛋白质对接软件

  v0.3.2 bin+lib #bioinformatics #docking #algorithm #macromolecular #scoring #gso #dna

• seqrepo

  将biocommons/seqrepo的（只读）功能移植到Rust

  v0.10.3 430 #vcf #port #access #read #read-only #genetic #biocommons-seqrepo

• righor

  从测序数据中创建Ig/TCR序列模型

  v0.2.3 bin+lib #sequences #model #generate #recombination #evaluate #infer #python

• jam-rs

  基于Rust的另一个（基因组）minhash（Jam）实现

  v0.1.0-beta.2 bin+lib #min-hash #bioinformatics #metagenomics #jaccard #containment

• taxonomy

  用于加载、保存和操作分类树的例程

  v0.10.0 140 #bioinformatics #node-tree #tax #classification #format #taxonomic #traversal

• nucleob

  生物信息学：核苷酸和氨基酸统计

  v1.1.1 app #bioinformatics #genetic #dna #rna #protein #statistical-analysis #sequence

• sumi

  带有UMI的小RNA文库分析

  v0.1.1 app #mi-rna #qiagen #mirna #srna #graph-algorithms #error-correction

• ambigviz

  从BAM文件中识别和绘制给定位置的模糊核苷酸碱基

  v0.1.0 app #bam #biology #genomics #bioinformatics #visualization

• pipspeak

  将PIPSeq文件转换为10X Genomics兼容的FASTQ文件

  v0.1.9 app #genomics #file-format #bioinformatics #10x #command-line-tool #pipseq #write-file

• dihardts_omicstools

  不同omic工具、结构和枚举的集合

  v2.0.3 100 #amino #acid #structs #biology #enums #csv #elements

• sequence_domain

  DNA/RNA序列区域

  v0.2.0 250 #sequence #domain #rna #dna #dna-rna #abstracting

• klassify

  根据独特的kmer内容对嵌合读数进行分类

  v0.1.4 460 bin+lib #reads #k-mer #genome #structural #unique #classify #variations

• genomap

  一个小的库，用于通过染色体索引存储通用基因组数据

  v0.2.6 #bioinformatics #genomics #compbio

• fmlrc

  FM-index长读序列校正器 - Rust实现

  v0.1.8 bin+lib #error-correction #read #long #genomics #bwt #fm-index #original

• seal

  Needleman-Wunsch & Smith-Waterman序列比对

  v0.1.5 270 #sequence-alignment #nlp #needleman-wunsch #dna #smith-waterman

• sprocket

  工作流描述语言文件的包管理器

  v0.5.0 bin+lib #workflow #bioinformatics #manager #description #language #check #wdl

• fastq

  fastq解析器

  v0.6.0 500 #parser #bio #processing #records

• thermorawfilereader

  Thermo Fisher的RawFileReader库的（相对）高级接口

  v0.2.6 bin+lib #raw #thermo #run-time #net #fisher #raw-file-reader #high-level

• mni2mz3

  脑部影像表面网格文件格式转换器

  v1.0.0 bin+lib #mesh #surface #obj #mz3 #file-format #mni #wavefront-obj

• ontime

  基于时间提取ONT（纳米孔）读数的子集

  v0.3.1 bin+lib #time #bioinformatics #fastq #nanopore #format-time #file-input #date-format

• noodles-gff

  通用特征格式（GFF）的读取器和写入器

  v0.35.0 1.6K #gff #bioinformatics #format #noodles #file-format #file-io #generic

• sgcount

  一个快速灵活的sgRNA计数器

  v0.1.32 app #crispr #bioinformatics #sequencing #sg-rna #cli

• slow5

  与slow5交互

  v0.11.0 #bioinformatics #sequencing #nanopore #genomics #signal #file #record

• rna-ss-params

  RNA二级结构参数

  v0.1.24 210 bin+lib #rna #bioinformatics #secondary-structure

• bio-streams

  流式生物信息数据类型

  v0.3.1 #bioinformatics #fasta #fastq #genomics #data-streaming #data-stream

• rust-sasa

  RustSASA是一个使用Shrake-Rupley算法计算给定蛋白质结构中每个原子绝对溶剂可及表面积（ASA/SASA）的Rust库

  v0.2.2 #bioinformatics #sasa #rust

• motif_finder

  使用Gibbs采样器、中位数字符串和随机基序搜索算法在读取的fasta格式文件中查找基序。请参阅README了解输入数据

  v0.9.2 bin+lib #motif #search-algorithms #algorithm #fasta #input-file #motifs #find

• jseqio

  以FASTA或FASTQ格式读取和写入生物序列

  v0.1.3 #file-format #fasta #fastq #format-file #sequences #bioinformatics #reading

• bustools_cli

  Rust对scRNAseq处理的重实现bustools

  v0.5.1 200 bin+lib #bus #single-cell #rna-seq #kallisto #command-line-interface #scrnaseq

• smafa

  小型预对齐序列的读取对齐器

  v0.8.0 bin+lib #sequences #biological #read #aligner #pre-aligned #cluster #length

• maf2bed

  将多重比对格式（MAF）文件转换为bed格式以进行tabixing。与jbrowse-plugin-mafviewer一起使用。

  v0.3.0 app #bed #convert #format #maf #multiple #tabix #jbrowse-plugin-mafviewer

• uniprot

  Uniprot数据库的数据结构和解析器

  v0.7.0 #xml-parser #parser #uniref #uniprotkb #swissprot #trembl #xml-format

• phylotree

  处理系统发育树和距离矩阵

  v0.1.2 bin+lib #phylogenetic #bioinformatics #newick #phylip #command-line-tool #phylogenetics #cli

• hts-sys

  HTSlib绑定

  v2.1.4 4.0K sys #bioinformatics #bam #sequencing #htslib #pileup

• lorikeet-genome

  通过本地重组装进行菌株解析和变异调用，适用于宏基因组学

  v0.8.2 bin+lib #bioinformatics #metagenomics #variant-calling #strain-anlaysis #bioinformatics-variant-calling #bioinformatics-metagenomics #bioinformatics-strain-analysis

• cytos

  用Rust编写的常用生物信息学脚本/任务集合

  v1.2.1 app #bioinformatics #collection #command #scripts-tasks #list #frequently

• yacrd

  通过全对全读取映射，yacrd执行：每个读取的堆叠覆盖计算和嵌合体检测

  v0.6.2 app #bioinformatics #long-read #chimera #scrubbing

• prot_translate

  将核酸序列翻译成蛋白质

  v0.1.0 #translate #protein #dna #rna #bioinformatics

• rosella

  利用UMAP和HDBSCAN从宏基因组中组装基因组

  v0.5.4 bin+lib #umap #hdbscan #genome #recovery #algorithm #metagenomic #binning

• wdl-gauntlet

  在 wdl 库族中测试语法树和抽象语法树

  v0.5.0 bin+lib #parse-tree #testing #ast #wdl #within #family

• psdm

  从一个或两个比对中计算成对SNP距离矩阵

  v0.3.0 bin+lib #snp #matrix #pairwise #bioinformatics #fasta

• exon-fasta

  使用Exon读取和写入FASTA文件

  v0.31.0 550 #exon #fasta #bioinformatics #data #reading #arrow #format

• msbwt2

  多字符串BWT查询库

  v0.3.2 bin+lib #bwt #query #msbwt #querying #multi-string #genomics #next-generation-sequencing

• fastax

  从NCBI分类数据库中制作系统发育树和谱系

  v1.5.0 bin+lib #phylogenetic #bioinformatics #sqlite #phylogenetics #cli

• skani

  计算宏基因组序列（如组装基因组）之间的ANI（平均核苷酸身份）。它非常快，且对不完整性和碎片化具有很强的鲁棒性，可以提供准确的ANI估计。

  v0.1.1 bin+lib #genomes #ani #nucleotide #identity #calculations #accurate #sequences

• oxbow

  在R、Python等中将专用生物信息学文件格式作为数据帧读取

  v0.3.1 #file-format #data-frames #bioinformatics #apache-arrow #frame #python #analytics

• ffforf

  fasta/q/x文件格式解析器。经过良好的模糊处理。

  v0.3.0 bin+lib #bioinformatics #file-format #stop #sequences #fasta #end #orf

• efetch2jsonl

  将EFetch XML转换为JSON Lines

  v1.0.0 app #xml #line #convert #json #output #metadata #sra

• bamrescue

  检查二进制序列对齐/映射（BAM）文件是否损坏并修复它们

  v0.3.0 bin+lib #bam #数据完整性 #检查 #数据文件 #完整性 #序列对齐 #修复

• ncbi_dl

  下载ncbi基因组文件

  v0.1.8 160 bin+lib #ncbi #生物信息学 #宏基因组 #微生物组

• lightmotif-py

  PyO3绑定和Python接口到lightmotif包

  v0.8.0 700 #生物信息学 #绑定 #Python绑定 #PSSM #Python #固定长度

• ncbitaxonomy

  从文件中读取NCBI分类数据库并与NCBI分类数据库一起工作

  v1.0.7 bin+lib #sqlite #生物信息学 #ncbi #分类 #数据库 #读取 #复制

• gdrs

  bioconductor中的基因组分布包

  v0.1.3 bin+lib #包 #分布 #基因组分布 #计算 #分区 #累积 #染色体

• mpileup

  按位点堆叠多个BAM文件

  v0.0.28 app #bam #多个 #参考 #up #bed #突变 #区域

• nthash

  用于对DNA序列中的所有可能的k-mer进行哈希的滚动哈希函数

  v0.5.1 #生物信息学 #哈希 #滚动 #哈希 #序列 #基因组学 #k-mer

• haptk

  单倍型分析工具包

  v0.2.5 bin+lib #分析 #工具包 #单倍型

• codenano-server

  在浏览器中编辑DNA分子设计

  v0.4.0 app #核苷酸 #DNA #分子 #浏览器 #编辑 #codenano #设计

• pdb-handler

  处理PDB文件的功能

  v0.1.0 #pdb #蛋白质 #结构 #生物信息学 #科学生物信息学

• anndata-memory

  为单细胞基因组数据提供线程安全的AnnData-like结构。提供受控可变性、高效的内存管理和灵活的数据操作。非常适合并发生物信息学应用。

  v0.1.0-alpha.1 240 #data #flexible #memory #structure #ideal #thread-safe #controlled

• lib3dmol

  用rust编写的用于读取、操作、选择蛋白质结构文件的原子

  v0.4.0 bin+lib #protein #read #file-read #atoms #structure #file-format #manipulate

• fastx

  以最小的开销读取Fasta和FastQ文件

  v0.2.1 #fasta #fastq #bioinformatics #sequencing #genome #low-overhead

• omnitigs

  与Omnitig相关的算法

  v5.0.1 #bioinformatics #genome #assembly

• recmap

  在Rust中读取和使用重组图谱

  v0.3.5 230 bin+lib #bioinformatics #genomics #command-line-tool #compbio #name

• nwbview

  Neurodata Without Borders查看器

  v0.2.4 app #viewer #neuroscience #visualization #nwb #file-format #open-file #data-store

• noodles-gtf

  基因转移格式（GTF）读取器和写入器

  v0.30.0 750 #gtf #noodles #format #bioinformatics #gene #transfer #reader-writer

• genomicsqlite

  SQLite的基因组扩展

  v0.9.4 #genomics #sqlite-extension #bioinformatics #sequencing #github #guide #programming

• radtk

  用于处理RAD文件的工具包

  v0.2.0 110 app #preprocessor #rna-seq #single-cell #rad-file #file-input #preprocessing #json-format

• gchemol-lattice

  周期性的3D晶体格子

  v0.1.2 150 #lattice #crystal #periodic #3d

• consalign

  基于迁移学习和热力学集合模型的RNA结构比对器

  v0.1.9 bin+lib #rna #bioinformatics #structural-alignment

• gffkit

  用于操作gff3文件的程序

  v0.1.2 app #gff #bio #gene #hts

• podders

  使用原生Rust编写未压缩的Pod5文件。没有FFI！PODDDDERS

  v0.1.4 #生物信息学 #测序 #纳米孔 #文件解析

• 血红素

  PDB阅读器和其他蛋白质建模工具

  v0.3.2 bin+lib #蛋白质 #建模 #PDB #原子 #构象 #蛋白质 #阅读器

• chainsaw

  操作newick树

  v1.14.3 140 bin+lib #树 #系统发育 #newick #操作

• kinesin

  重新导出crate（WIP）

  v0.1.1 app #重新导出 #无 #通用

• diploid-contam-estimator

  估计二倍体DNA测序库的污染水平

  v0.3.4 bin+lib #变异 #水平 #污染 #DNA #二倍体 #估计 #调用

• seqkmer

  序列kmer

  v0.1.0 130 #k-mer #序列 #生物信息学 #DNA #基因组学

• gfa

  在GFA（图解片段组装）格式中处理图

  v0.10.1 340 #生物信息学 #图 #解析器

• frag_gene_scan_rs

  用于短且易错的读取的基因预测模型

  v1.1.0 bin+lib #基因 #DNA #蛋白质

• mmap-bitvec

  使用基于内存映射文件的位向量

  v0.4.1 #位向量 #生物信息学 #bitvec #位-向量

• stats_on_gff3_ncbi

  计算CDS GC3比例、内含子GC比例、基因区GC比例、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比例等统计数据

  v0.1.52 app #生物信息学 #gff3 #fasta

• gia

  基因组区间集合的集合论运算

  v0.2.23 app #区间集合 #基因组学 #区间 #集合 #生物信息学 #bed #命令行工具

• chainfile

  处理基因组链文件

  v0.2.1 #genomics #chain #features

• freesasa-sys

  Rust的freesasa C库原生FFI绑定

  v0.1.12 sys #bioinformatics #pdb #protein #sasa #structural-biology #api-bindings

• elias_fano_rust

  Sebastiano Vigna的Elis-Fano近似紧致数据结构的优化实现

  v0.1.1 nightly #data-structure #vigna #best #fano #elias #memory #high-bits

• fastleng

  读取长度统计工具

  v0.2.0 bin+lib #length #sequences #statistics #metrics #fasta #fastq #file

• prole

  在Rust中收集可重用方法。请随意用于您自己的工作。

  v1.3.1 #collection #methods #free #own #follow #re-usable

• mutexpect

  用于确定遗传序列中潜在的点突变及其统计概率的函数

  v0.2.7 #mutation #genetic #genetics #statistical-model

• fpa_lr

  fpa过滤器长读映射信息以节省磁盘空间

  v0.5.1 app #disk-space #bioinformatics #read #mapping #long #long-read #filter

• chaintools

  在Rust中序列化和操作.chain文件

  v0.1.0 #chain #genomic #lib #tool

• biofile

  读取生物信息学相关文件

  v1.10.3 190 nightly bin+lib #bioinformatics #reading #file

• drug-extraction-core

  从文本记录中提取药物的核心库

  v0.1.2 #extract #text #nlp #drug

• slow5lib-sys

  对slow5lib C库的低级别绑定

  v0.9.1+slow5lib.1.1.0 310 sys #slow5lib #bioinformatics #low-level #wrapper #computational-biology #nanopore #sequencing

• strif

  识别全基因组中短串联重复序列的中断

  v0.2.1 app #str #repeat #tandem #interruption #short #genome #tool

• nale

  执行轮廓隐马尔可夫模型（PHMM）生物序列比对

  v0.1.2 #sequence-alignment #biological #model #markov #hidden #phmm #profile

• bio-jtools

  一套用于与高通量测序（HTS）数据交互的生物信息学工具

  v0.2.0 app #bioinformatics #fastq #cli

• fg-stitch-lib

  Stitch比对器实现和支持工具

  v0.1.1 #stitch #aligner #reads #utilities #supporting

• fasta_windows

  从fasta文件中快速统计窗口信息

  v0.2.4 bin+lib #fasta #genomics #windows #array

• hts

  Rust绑定htslib

  v0.1.18 #d4 #depth #sequencing #read #cram #format #bam

• classeq-api

  Classeq API

  v0.10.0 1.3K app #bioinformatics #placement #dna #phylogeny

• primaldimer_rs

  计算PrimerPrimer相互作用

  v0.2.0 #interaction #calculating #primer-primer

• exon-sam

  外显子SAM

  v0.31.0 550 #bioinformatics #exon #sam #object-storage #data #sql #multi-language

• fastlin

  一个用于MTBC谱系分型的超快程序

  v0.2.1 app #typing #complex #fastq #mtbc #lineage #tuberculosis #mycobacterium

• bird_tool_utils

  微生物基因组实用函数

  v0.5.0 #genomics #utility #microbial #functions #bird

• to-trans

  从fasta + GTF/GFF构建高性能转录组

  v0.2.0 bin+lib #gtf-gff #fasta #gtf #gff #transcriptome #command-line-tool

• gfautil

  用于处理GFA文件和相关格式的命令行工具

  v0.4.0-alpha.5 bin+lib #bioinformatics #command-line #gfa #graph #path #command-line-tool #file-format

• xdrfile

  gromacs libxdrfile库的包装器。可以用来读取和写入gromacs的xtc和trr格式轨迹。

  v0.3.0 sys #trajectory #molecular-dynamics #bioinformatics #gromacs

• genome

  用于生成GAN生成器DNA的包

  v0.3.0 bin+lib #dna #random #sequence #generate #generator #gan #create

• psychophysics

  心理物理实验

  v0.1.0 #experiment #stimuli #perception #psychology #experiments #neuroscience #graphics

• spdi

  用于描述基因组变异的格式。此crate提供了一个库来获取变异的SPDI格式表示，并提供了将SPDI格式输出添加到输入VCF文件的命令行实用程序。

  v0.1.3 bin+lib #vcf #genomics #bioinformatics #command-line-tool #file-path

• sigalign-utils

  核心工具

  v0.2.0 120 #sequence-alignment #bioinformatics #algorithm #similarity-guided #ngs

• entrez-rs

  Rust封装的Entrez API

  v0.1.4 #bioinformatics #ncbi #gene #entrez #xml-parser #pubmed #api-bindings

• nucleobases

  低级砖块crate，用于将碱基作为代码中的数据进行管理

  v1.1.0 #genomics #dna #data #low-level #nucleobase #convert #brick

• chiral-common

  手性通用：一个集成的数据处理工具

  v0.1.4 #data-processing #hpc #cheminformatics #bioinformatics #data #ai

• guide-counter

  为CRISPR筛选提供快速准确的引导计数

  v0.1.3 app #crispr #生物信息学 #基因组 #基因组学 #输入输出

• bedblocks

  将BED文件分割成块

  v0.1.0 bin+lib #bed #blocks #split #基因组学 #距离 #文件 #长度

• bed-utils

  操作基因组范围对象

  v0.4.1 130 #range #基因组 #对象 #操作

• gfastats

  GFA统计数据

  v0.1.3 app #statistics #graph #gfa #input #data #basic

• fusta

  利用FUSE接口透明地操作多FASTA文件作为独立文件

  v1.7.1 bin+lib #fasta #fuse #生物信息学 #github #挂载点

• molcv

  计算蛋白质残基的圆形方差

  v0.1.0 bin+lib #variance #circular #protein #python #residues #calculating #python-packages

• sorensen

  Rust中的Sørensen–Dice系数实现

  v0.2.0 #coefficients #sørensen–dice #distance

• finch_cli

  对基因组数据进行最小独立排列局部敏感哈希（'MinHashing'）以及命令行操作工具

  v0.5.0 app #sketch #min-hash #生物信息学 #minhash #命令行工具 #sketches

• census-proteomics

  使用Census算法进行蛋白质组学数据分析

  v0.3.3 #proteomics #algorithm #data #census #质谱 #生物信息学 #解析器

• cgt_bacpop

  在宏基因组数据中标记核心和稀有基因

  v0.1.0 app #genomics #生物信息学 #测序 #宏基因组

• protein-translate

  将核酸序列翻译成蛋白质

  v0.2.0 #translate #protein #dna #rna #生物信息学

• pilercr-parser

  PILER-CR CRISPR阵列注释工具输出的解析器

  v1.1.0 #crispr #生物信息学 #piler-cr #pilercr

• bedrs

  Rust中的基因组区间库

  v0.2.25 270 #interval #bioinformatics #genomic #interval-set #range #bed #ranges

• blobtk

  BlobToolKit 的核心工具

  v0.5.3 bin+lib #bioinformatics #genomics #genome #blobtoolkit #python-bindings #command-line-utilities #file-format

• kractor

  基于 Kraken2 的分类，从 FASTQ 文件中提取读取数据

  v0.4.0 app #fastq #bioinformatics #file-read #kraken #metagenomics #taxonomy

• piscem-infer

  一个灵活的工具，用于从批量测序数据中执行目标定量

  v0.6.0 app #rna-seq #quantification #science #rad-file

• unitig_flipper

  重定向 unitigs 以减少 SBWT 中的虚拟节点数量

  v0.1.0 bin+lib #node #numbers #dummy #k-mer #unitigs #sbwt #minimize

• wdl-grammar

  工作流描述语言（WDL）文档的解析树

  v0.7.0 180 #parse-tree #parser #wdl #workflow #syntax-tree #document #language

• genotype

  基因型和表型之间的抽象层，具有原地突变

  v0.1.2 #abstraction-layer #param #mutation #self #range #mut #index

• pattern_partition_prediction

  读取和查询 k-mer 模式分区信息

  v0.1.4 #mutation #k-mer #partition #pattern #point #information #probabilities

• distance_aa

  distAAnce 网络应用程序的后端

  v1.0.0-alpha.3 bin+lib #interface #web-programming-api-server #cli #applications #dist-a-ance #backend #web-apps

• granges

  基因组范围操作的命令行工具

  v0.2.2 bin+lib #bioinformatics #interval-tree #genomics #data-processing #command-line-tool #data-analytics #compbio

• fasta_split

  将fasta文件分割成多个fasta文件

  v0.1.3 app #fasta #生物信息学 #分割

• grass-runtime

  GRASS的运行时库

  v0.1.4 #运行时 #grass #grass-runtime

• jean_blosum

  jean的BLOSUM特征

  v0.1.0 bin+lib #dna #蛋白质 #rna #矩阵 #blosum

• consprob

  RNA结构对齐的快速概率推理引擎

  v0.1.22 bin+lib #rna #生物信息学 #结构对齐

• biostats

  生物信息学库

  v0.6.8 nightly bin+lib #生物信息学 #biostats #区间

• ppgg

  关联的可执行文件，库提供构建工具的工具，可以解析和为VCF和FASTA文件工作，而关联的可执行文件是用于生成…的命令行工具

  v0.1.4 bin+lib #生物信息学 #蛋白质组学 #遗传 #vcf文件 #命令行工具

• chem-parse

  简单化学公式的解析器

  v0.3.0 nightly #化学 #解析器 #公式 #方程 #元素 #chem #单位

• bam-builder

  轻松构建用于测试的BAMs

  v1.0.0 #bam #生物信息学 #基因组 #htslib

• rust-parallelfastx

  当序列顺序不重要但速度重要时，对FASTA/FASTQ文件进行并行迭代

  v0.1.1 nightly bin+lib #生物信息学 #并行 #序列 #fasta-fastq #速度 #顺序 #迭代

• biogarden

  一组基本的生物信息学算法

  v0.1.0 #序列 #生物信息学 #序列比对 #算法 #ds #seq #模式

• fastxgz

  用于压缩和非压缩文件的fasta/fastq解析器

  v0.3.0 #压缩 #解析器 #gz #fastq #文件 #读取 #哈希

• libparasail-sys

  parasail C库的不安全Rust绑定

  v0.1.6 sys #生物信息学 #parasail #不安全绑定 #ffi #rust #比对

• exon-benchmarks

  exon的可执行基准测试

  v0.3.4-beta.5 120 app #exon #生物信息学 #rust

• ngs

  用于处理下一代测序数据的命令行工具

  v0.4.0 bin+lib #文件格式 #测序 #下一代 #索引文件 #质量 #命令行工具 #参考

• gkl

  基因组核库

  v0.1.1 #基因组 #核 #绑定 #正向 #比对 #avx #avx2

• fastx-statistics

  计算类似于fasta文件的简单统计数据

  v1.0.0 app #统计 #计算 #基本 #fastq #fasta #fasta-like

• rust-spoa

  封装C++ SPOA库以生成DNA和蛋白质共识序列

  v0.2.4 #共识序列 #蛋白质 #dna #spoa #生成 #部分

• libnail

  执行轮廓隐马尔可夫模型（PHMM）生物序列比对

  v0.2.0 #序列比对 #模型 #隐藏 #马尔可夫 #轮廓 #生物 #phmm

• rumi

  通过方向相邻性进行PCR去重

  v0.2.1 bin+lib #生物信息学 #基因组 #去重 #umi

• fxread

  用于rust的裸骨fastx读取器

  v0.2.12 110 #生物信息学 #测序 #dna

• ggetrs

  从命令行高效查询生物数据库

  v0.1.79 1.1K bin+lib #生物信息学 #ncbi #ensembl #uniprot #enrichr #单行

• phenotype-internal

  为Peapod crate定义Phenotype trait

  v0.2.0 #枚举 #特性 #集合 #peapod #定义 #phenotype #存储

• sfs-cli

  用于处理位点频率谱的工具

  v0.1.0 app #位点 #频率谱 #工具 #cli工具

• alphabeta

  表观遗传数据分析工具

  v0.3.0 bin+lib #数据分析 #遗传 #表观遗传 #表观遗传学 #表观基因组学 #表观遗传数据 #分析

• libprosic

  使用潜在变量模型调用基因组变异

  v0.7.3 #模型 #变异 #变量 #调用 #基因组学 #细胞 #事件

• biosignal

  生物信号处理

  v0.1.0 #信号 #DSP #处理 #生物 #IO

• noodles-htsget

  htsget客户端

  v0.6.0 #noodles #生物信息学 #htsget #客户端 #格式 #项目 #文件

• multi-seq-align

  操作多个序列比对（DNA/蛋白质）

  v0.2.0 #生物信息学 #DNA #蛋白质 #MSA #比对

• protein_translation

  将RNA序列中的核苷酸翻译成相应的蛋白质名称的Vec<&str>

  v0.1.2 #蛋白质 #核苷酸 #RNA #密码子 #解析器

• ross

  用于运行fastq文件基本分析的脚本集合

  v0.1.7 bin+lib #fastq #朋友 #生物信息学

• kmers

  操作k-mer

  v0.2.2 #k-mer #序列 #整数 #表示 #表示 #64位 #k长度

• minimap2-sys

  libminimap2的绑定

  v0.1.19+minimap2.2.28 700 sys #生物信息学 #fastq #fasta #比对 #ffi

• saboten

  双切图、刺猬图和树，以及寻找变异图中超气泡的算法

  v0.1.2-alpha.3 #图 #生物信息学 #树 #刺猬 #超气泡 #算法 #双切

• aa-regex

  构建蛋白质序列正则表达式宏

  v0.3.1 宏 #正则表达式 #宏 #生物信息学 #序列 #蛋白质

• lorikeet-rs

  宏基因组学的菌株解析器

  v0.3.0 bin+lib #resolver #read #strain #metagenomics #reference #bam #genome

• fastix

  重命名FASTA记录的前缀

  v0.1.0 app #fasta #生物信息学 #前缀 #记录 #行 #重命名

• fqgrep

  搜索一对fastq文件，查找与给定ref或alt序列匹配的读取

  v1.0.2 bin+lib #fastq #生物信息学 #match #reads #sequence #pair #ref

• census2csv

  将Census格式的TMT多路复用蛋白质组学数据转换为CSV文件

  v0.1.4 app #蛋白质组学 #csv #转换 #数据 #格式 #tmt #蛋白质

• phcue-ck

  命令行工具，使用运行访问号从ENA获取FASTQ文件的FTP链接

  v0.2.0 bin+lib #fastq #生物信息学 #ftp #run #ena #links #line

• rosalind-cli

  为rosalind crate提供的命令行界面

  v0.0.15 app #cli #生物信息学 #rosalind #算法 #算法

• diced-py

  PyO3绑定以及diced crate的Python接口

  v0.1.1 #生物信息学 #绑定 #python绑定 #pssm #python

• 蛋白质

  与蛋白质结构一起工作

  v0.0.5 #生物学 #生物信息学 #科学

• mudskipper

  将基因组比对转换为转录组BAM/RAD文件

  v0.1.0 app #基因组 #bam #bam格式 #文件 #比对 #读取 #生物信息学

• exon-genbank

  外显子GenBank

  v0.31.0 550 #生物信息学 #外显子 #箭头 #蛋白质组学 #多语言 #数据 #sql

• grass-ir

  GRASS的IR

  v0.1.4 bin+lib #grass #ir #grass-ir

• bio

  Rust的生物信息学库。此库提供了许多对生物信息学（以及其他领域）有用的算法和数据结构的实现。

  v2.0.1 10K #生物信息学 #数据结构 #持续集成 #领域 #已测试 #文档 #遵循

• alpine-core

  ALPINE（历史时期谱系和持久感染探索）核心工具

  v0.1.2 bin+lib #生物信息学 #数据科学 #命令行 #可重复性 #命令行界面 #命令行工具

• gfacut

  剪切基因组中的部分

  v0.1.4 app #基因组 #部分 #剪切

• stats_on_genomes

  计算整个基因组上的两个简单比率：GC比率和重复比率

  v0.1.1 app #生物信息学 #fasta #比率 #重复 #计算 #gc #基因组

• rust-seq2kminmers

  从DNA序列中构建和迭代k-min-mers

  v0.1.0 bin+lib #生物信息学 #序列 #迭代 #dna #迭代器 #位置 #空间

• pdbtbx

  打开/编辑/保存（晶体学）蛋白质数据银行（PDB）和mmCIF文件

  v0.11.0 170 #pdb #蛋白质 #晶体 #生物 #mmcif #科学计算

• vcfverifier

  通过比较VCF中的REF列与底层FASTA序列，验证给定的VCF是否与给定的FASTA相匹配

  v0.1.1 app #fasta #vcf #匹配 #列 #ref #组装 #索引

• wham

  加权直方图分析法

  v1.1.4 120 bin+lib #分子动力学 #直方图 #生物信息学 #统计学 #数学 #命令行 #命令行界面

• mmft

  最小化的fasta工具包

  v0.1.0 bin+lib #fasta #工具 #工具包

• biocommons-bioutils

  (部分)将biocommons/bioutils移植到Rust

  v0.1.4 390 #移植 #部分 #vcf #遗传 #bioutils #变异优先级

• noodles-refget

  refget客户端

  v0.5.0 330 #noodles #生物信息学 #客户端 #refget #项目 #io

• GetPDB

  从rcsb.org下载蛋白质文件

  v1.0.1 bin+lib #生物 #生物学 #生物信息学

• crispr_helloworld

  Hello world项目

  v0.1.1 app #crispr #hello-world #world

• fq-filter-reads

  用于根据提供的ID列表过滤fastq文件的程序

  v0.1.0 bin+lib #id #list #fastq #file #record #retaining

• nucleic-acids

  创建DNA和RNA序列

  v0.1.0 nightly #rna #dna #sequences

• lightmotif-tfmpvalue

  lightmotif crate的TFMPvalue的Rust重实现

  v0.8.0 500 #生物信息学 #motif #pssm #pvalue

• minced-parser

  MinCED CRISPR阵列注释工具输出的解析器

  v2.0.0 #crispr #生物信息学 #minced

• libradicl

  alevin-fry的支持库

  v0.9.0 #preprocessor #single-cell #rna-seq #single-nucleus #rna-velocity #read-write #preprocessing

• select-random-fastx

  从fastx文件中选择随机条目

  v0.1.1 app #random #entries #fastx #fastq #fasta #records

• drprg

  使用参考图预测药物耐药性

  v0.1.1 bin+lib #生物信息学 #genome-graphs #drug-resistance

• consprob-trained

  基于RNA结构对齐的可训练概率推理引擎

  v0.1.11 bin+lib #rna #生物信息学 #structural-alignment

• bio-rust

  解析生物信息领域的基本数据结构，提供操作这些数据的接口和构建一些统计模型。

  v0.1.1 #bio #fastq #parser

• jean_cut

  jean的密码子使用表功能

  v0.1.0 #cut #rna #dna #protein #codons

• classeq-core

  classeq项目的核心库

  v0.10.0 1.5K #placement #dna #生物信息学 #phylogeny

• aa-name

  氨基酸名称的基本枚举

  v0.1.4 #生物信息学 #氨基酸 #名称 #酸 #蛋白质 #枚举 #基本

• rget_pdb

  从rcsb.org下载蛋白质文件

  v0.1.0 bin+lib #下载 #组织 #蛋白质 #rcsb

• kgst

  包含使用Ukkonen算法实现的K截断广义后缀树的实现

  v0.1.1 bin+lib #树 #后缀 #广义 #库 #算法 #k截断 #序列化

• bam2seq

  使用CIGAR和MD标签从.bam文件中提取读数和重建参考

  v0.1.2 app #bam #sam #生物信息学 #cli #区域

• exon-io

  Exon的IO工具

  v0.31.0 550 #arrow #生物学 #文件格式 #科学 #对象存储 #本地文件系统

• disambiseq

  为DNA序列创建不确定的单次错配库

  v0.1.11 170 #生物信息学 #dna #错配 #测序

• sdust

  对称DUST算法，可选的CLI

  v0.1.0 bin+lib #dna #序列 #生物 #区域

• readfish-tools

  分析自适应采样数据的工具

  v0.1.0 #分析 #基因组学 #数据分析 #纳米孔 #自适应采样

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