Align-cli

一个帮助您手动质谱检查流程的工具。带有比对、同位素序列和其他质谱信息。

如何安装

1. 在发布中挑选适合您机器的正确二进制文件
2. 将其放置在您的机器上的合适位置
3. 如果您使用的是基于Unix的操作系统（Linux或Mac），请勿忘记chmod +x <binary>
4. 打开终端并使用此工具
5. 如果您想，可以将二进制文件的位置添加到您的路径，这样您就可以在整个机器上使用它

更详细的Windows安装说明（安装另一个程序）

如何从源安装

1. 首先安装Rust。
2. 使用Rust的Cargo工具安装该工具cargo install align-cli
3. 使用！

快速使用概述

1. 成对比对
   • 比对两个序列align <A> <B>，这将显示这两个序列的最佳比对。
   • 将单个肽段与数据库比对align <A> --file <FILE.fasta>。
   • 将单个肽段与IMGT数据库比对align <A> --imgt。
   • 将单个肽段与IMGT数据库中的V-J-C域比对align <A> --domain。
   • 将单个肽段与IMGT数据库中的特定基因对齐 align <A> --specific-gene <GENE>。
2. 获取单个序列的信息 align <sequence>，这显示了多个基本属性（如质量）并为该序列生成同位素序列。
   • 使用--fixed <MODIFICATIONS>和--variable <MODIFICATIONS>来微调生成的同位素序列。
3. 获取单个修饰信息 align --modification <MODIFICATION>。
   • 使用全称列出其属性，例如--modification Oxidation
   • 使用公式查找具有该公式的所有修饰，例如--modification Formula:O
   • 使用质量查找具有该质量的修饰，例如--modification +15.995
4. 列出IMGT基因 align --imgt或align --specific-gene <GENE>。

> align AKTNLSHLGYGMDV AKEGGLHSIGYGMDV
> align AKTNLNHLGY BHJGYGMDV --local --context
> align GAI
> align --modification 23 --tolerance 0.5da
> align -m Oxidation
> align --species human --domain -N 1 -n 70 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK