nail

关于

nail 是一种生物序列比对工具。目前，仅支持蛋白质序列比对。

nail 使用 MMseqs2 来寻找粗略的比对种子，作为高度敏感、有界序列比对算法的起点。

安装

要从源代码构建 nail，您首先需要安装 Rust 和 Cargo。最简单的方法是使用 rustup。

完成此操作后，您可以构建 nail

git clone https://github.com/TravisWheelerLab/nail
cd nail/
cargo build --release

然后您将在以下位置找到编译后的二进制文件： target/release/nail

例如，尝试运行

target/release/nail -h

用法

nail 的输入是查询多重序列比对（斯德哥尔摩）文件和目标序列（fasta）文件。要运行 nail 流程，请使用 nail search 命令

例如

$ nail search query.sto target.fa

许可证

nail 在 BSD-3-Clause 许可证下授权。

有关详细信息，请参阅 LICENSE。

作者

Jack Roddy - [email protected]