pilercr-parser

用于解析 PILER-CR CRISPR 注释工具的输出。

PILER-CR v1.06（及以后版本）在重复序列包含间隙时报告错误坐标。此解析器将纠正这些错误，并提供每个重复-间隔序列的重复序列（在 PILER-CR 输出中仅作为与共识的差异模式给出）。

安装

将以下内容添加到 Cargo.toml

pilercr-parser= 1.0.2

用法

use std::fs::File;
use std::io::{BufReader, Read};

fn main() {
    let file = File::open("examples/example.txt").unwrap();
    let mut reader = BufReader::new(file);
    let mut input = String::new();
    reader.read_to_string(&mut input).unwrap();
    let arrays = pilercr_parser::parse(&input).unwrap();
    for array in arrays {
        println!(
            "{} has {} arrays",
            array.accession,
            array.repeat_spacers.len()
        );
    }
}

lib.rs:

解析 PILER-CR（https://www.drive5.com/pilercr/），一个 CRISPR 数组注释工具生成的输出。

PILER-CR v1.06（及以后版本）在重复序列包含间隙时报告错误坐标。此解析器将纠正这些错误，并提供每个重复-间隔序列的重复序列（在 PILER-CR 输出中仅作为与共识的差异模式给出）。

示例

use std::fs::File;
use std::io::{BufReader, Read};

let file = File::open("examples/example.txt").unwrap();
let mut reader = BufReader::new(file);
let mut input = String::new();
reader.read_to_string(&mut input).unwrap();
let arrays = pilercr_parser::parse(&input).unwrap();
for array in arrays {
    println!(
        "{} has {} arrays",
        array.accession,
        array.repeat_spacers.len()
    );
}