sgcount

sgcount 是一个用于CRISPR筛选的快速灵活的sgRNA计数器。

该工具旨在将原始测序文件转换为计数表，是一个简单而强大的工具。这将作为CRISPRBrain的预处理步骤，最终将能够在浏览器中直接进行分析 - 但作为一个独立工具提供，供那些希望进行本地分析的人使用。

关于

sgcount 被设计为一个简单、快速的单个界面，供只想获取其CRISPR筛选结果的研究人员使用。

要了解更多关于此工具相对于现有方法的特性，请查看关于页面。

安装

无需浪费时间调整conda环境 - sgcount是用Rust编写的，并由其强大的包管理器cargo支持。

cargo install sgcount

可以在安装说明中找到一行安装命令。

用法

如果你准备好运行你的第一个筛选，请查看用法。

sgcount -l <library> -i <sample>

运行差异表达和基因聚合

一旦你有了计数，请查看我的工具 crispr_screen 来执行差异表达和基因级别聚合。

外部链接

• GitHub仓库
• Crates
• 文档