NoHuman

👤➡️🚫 从测序运行中移除人类读取 👤➡️🚫

nohuman 通过使用 kraken2 对来自人类泛基因组参考联盟（HPRC）的 第一版人类泛基因组参考 中所有基因组构建的定制数据库进行分类，从测序读取中移除人类读取。它可以处理任何类型的测序技术。了解更多关于该方法的发展 这里。

• NoHuman
  • 安装
    • Conda（推荐）
    • 预编译的二进制文件
    • Cargo
    • 容器
      • singularity
      • docker
    • 从源码构建
  • 用法
    • 下载数据库
    • 检查依赖项是否可用
    • 移除人类读取
    • 完整用法
  • 替代方案
  • 引用

安装

Conda（推荐）

$ conda install -c bioconda nohuman

预编译的二进制文件

注意：您需要使用此安装方法自行安装 kraken2。

curl -sSL nohuman.mbh.sh | sh
# or with wget
wget -nv -O - nohuman.mbh.sh | sh

您还可以像这样向脚本传递选项

$ curl -sSL nohuman.mbh.sh | sh -s -- --help
install.sh [option]

Fetch and install the latest version of nohuman, if nohuman is already
installed it will be updated to the latest version.

Options
        -V, --verbose
                Enable verbose output for the installer

        -f, -y, --force, --yes
                Skip the confirmation prompt during installation

        -p, --platform
                Override the platform identified by the installer [default: apple-darwin]

        -b, --bin-dir
                Override the bin installation directory [default: /usr/local/bin]

        -a, --arch
                Override the architecture identified by the installer [default: x86_64]

        -B, --base-url
                Override the base URL used for downloading releases [default: https://github.com/mbhall88/nohuman/releases]

        -h, --help
                Display this help message

Cargo

注意：您需要使用此安装方法自行安装 kraken2。

$ cargo install nohuman

容器

Docker 镜像托管在 quay.io。

singularity

先决条件： singularity

$ URI="docker://quay.io/mbhall88/nohuman"
$ singularity exec "$URI" nohuman --help

上面的命令将使用最新版本。如果您想指定版本，请使用 标签（或提交）如下。

$ VERSION="0.1.0"
$ URI="docker://quay.io/mbhall88/nohuman:${VERSION}"

docker

先决条件： docker

$ docker pull quay.io/mbhall88/nohuman
$ docker run quay.io/mbhall88/nohuman nohuman --help

您可以在 quay.io 仓库 中找到所有可用的标签。

从源码构建

注意：您需要使用此安装方法自行安装 kraken2。

$ git clone https://github.com/mbhall88/nohuman.git
$ cd nohuman
$ cargo build --release
$ target/release/nohuman -h

用法

下载数据库

$ nohuman -d

默认情况下，这将数据库放置在 $HOME/.nohuman/db。如果您想将其下载到其他位置，请使用 --db 选项。

检查依赖项是否可用

$ nohuman -c
[2023-12-14T04:10:46Z INFO ] All dependencies are available

移除人类读取

$ nohuman -t 4 in.fq

这将向 kraken2 传递 4 个线程，并将干净的读取输出为 in.nohuman.fq。

您可以使用-o指定输出文件的存放位置。

$ nohuman -t 4 -o clean.fq in.fq

如果您有配对端Illumina测序数据

$ nohuman -t 4 in_1.fq in_2.fq

或者指定不同的输出路径

$ nohuman -t 4 --out1 clean_1.fq --out2 clean_2.fq in_1.fq in_2.fq

注意：输出文件始终为未压缩格式，即使提供了压缩的输入。

$ nohuman -h
Remove human reads from a sequencing run

Usage: nohuman [OPTIONS] [INPUT]...

Arguments:
  [INPUT]...  Input file(s) to remove human reads from

Options:
  -o, --out1 <OUTPUT_1>  First output file
  -O, --out2 <OUTPUT_2>  Second output file - if two input files given
  -c, --check            Check that all required dependencies are available
  -d, --download         Download the database
  -D, --db <PATH>        Path to the database [default: /home/mihall/.nohuman/db]
  -t, --threads <INT>    Number of threads to use in kraken2 [default: 1]
  -v, --verbose          Set the logging level to verbose
  -h, --help             Print help (see more with '--help')
  -V, --version          Print version

完整用法

$nohuman --help
Remove human reads from a sequencing run

Usage: nohuman [OPTIONS] [INPUT]...

Arguments:
  [INPUT]...
          Input file(s) to remove human reads from

Options:
  -o, --out1 <OUTPUT_1>
          First output file.

          Defaults to the name of the first input file with the suffix "nohuman" appended. e.g. "input_1.fastq.gz" -> "input_1.nohuman.fq". NOTE: kraken2 output cannot be compressed, so the output will always be uncompressed.

  -O, --out2 <OUTPUT_2>
          Second output file - if two input files given.

          Defaults to the name of the first input file with the suffix "nohuman" appended. e.g. "input_2.fastq.gz" -> "input_2.nohuman.fq". NOTE: kraken2 output cannot be compressed, so the output will always be uncompressed.

  -c, --check
          Check that all required dependencies are available

  -d, --download
          Download the database

  -D, --db <PATH>
          Path to the database

          [default: /home/mihall/.nohuman/db]

  -t, --threads <INT>
          Number of threads to use in kraken2

          [default: 1]

  -v, --verbose
          Set the logging level to verbose

  -h, --help
          Print help (see a summary with '-h')

  -V, --version
          Print version

替代方案

Hostile是一种基于比对的方法，表现良好。它比nohuman kraken方法所需时间更长，内存使用更多，但针对Illumina数据的准确性略高。更多详情和替代方法请参见论文。

引用

Hall, Michael B. 和 Lachlan J. M. Coin. “Pangenome databases improve host removal and mycobacteria classification from clinical metagenomic data” GigaScience, 2024年4月4日. https://doi.org/10.1093/gigascience/giae010

@article{hall_pangenome_2024,
	title = {Pangenome databases improve host removal and mycobacteria classification from clinical metagenomic data},
	volume = {13},
	issn = {2047-217X},
	url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giae010},
	doi = {10.1093/gigascience/giae010},
	urldate = {2024-04-07},
	journal = {GigaScience},
	author = {Hall, Michael B and Coin, Lachlan J M},
	month = jan,
	year = {2024},
	pages = {giae010},
}