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› 关键词 #生物信息学 #遗传 #fasta #bam #k-mer #宏基因组学 #序列 #读取

#基因组

  1. hgvs

    将 biocommons/hgvs 转换为 Rust

    v0.17.2 600 #序列 #缓存 #端口 #基因组 #遗传 #数据库访问 #seqrepo

  2. matchtigs

    计算 k-mer 集的小型和最小纯文本表示的不同算法

    v2.1.7 330 #纯文本 #k-mer #基因组 #压缩 #生物 #kmer

  3. annonars

    Rust 模板仓库

    v0.40.0 280 #rocks-db #基因组 #tsv #注释 #家族 #模板 #vcf

  4. coverm

    宏基因组学的读取覆盖度计算器

    v0.7.0 #覆盖度 #读取 #宏基因组学 #bam #计算器 #基因组 #dna

  5. nohuman

    从测序运行中移除人类读取

    v0.1.1 150 #生物信息学 #宏基因组学 #污染 #基因组

  6. compact-genome

    基因组的表示

    v3.0.0 550 #基因组 #紧凑 #生物信息学 #表示 #字符串

  7. omnitigs

    与 omnitig 相关的算法

    v5.0.1 #生物信息学 #基因组 #组装

  8. chromsize

    只获取你的染色体大小

    v0.0.2 240 #大小 #fasta #染色体 #基因组

  9. grumpy

    Rust 中的遗传分析

    v0.1.14 700 #基因 #基因组 #vcf #分析 #遗传 #突变 #差异

  10. gfatk

    用于操作小型到中型 GFA 文件以及特定于基因组组装器 MBG 输出的命令行工具

    v0.2.3 #组装 #gfa #基因组 #命令行工具

  11. galah

    微生物基因组去重复器

    v0.4.0 #genome #cluster #clustering #ani #identity #dereplication #representative

  12. 基因组图

    基因组图的表示

    v9.0.0 350 #graph-node #graph #genome #bioinformatics #representation

  13. bigwig2bam

    将bigwig文件转换为单端bam文件的命令行工具

    v0.1.4 #bam #file #genome #convert #bigwig #fasta #command-line

  14. klassify

    根据独特的kmer内容对嵌合读段进行分类

    v0.1.4 600 #reads #k-mer #genome #structural #unique #classify #variations

  15. twobit

    TwoBit序列文件格式的纯Rust实现

    v0.2.1 #file-format #sequence #genome #2bit #gene #file-reader

  16. bamcalib

    计算芯片测序实验校准后的bam文件的标准bigwig

    v0.1.5 #bam #bam #data #normalization #file #bigwig #genome #normalized

  17. rosella

    使用UMAP和HDBSCAN从宏基因组中恢复组装的基因组

    v0.5.4 #umap #hdbscan #genome #recovery #algorithm #metagenomic #binning

  18. set_genome

    神经进化算法的遗传数据结构

    v0.6.7 100 #genetic-algorithm #ann #neural-network #evolution #genome #mutation #neuro-evolution

  19. fastx

    以小开销读取Fasta和FastQ文件

    v0.2.1 #fasta #fastq #bioinformatics #sequencing #genome #low-overhead #fast-q

  20. crypt4gh

    Crypt4GH加密格式的加密和解密实现

    v0.4.1 #encryption-decryption #encryption #genetic #genome #c4gh #stdin

  21. stats_on_genomes

    计算整个基因组上的2个简单比率：GC比率和重复比率

    v0.1.1 #bioinformatics #fasta #ratio #repetition #calculate #gc #genome

  22. goat-cli

    查询生命树中任何物种的元数据

    v0.2.5 #genome #tree #genomics #ncbi #command-line-interface #goat #query-string

  23. crussmap

    更快地将基因组坐标在不同参考组装之间进行转换的工具。支持的文件格式：[BED,…]。此项目重建了CrossMap…

    v1.0.1 #file-format #genome #bed #convert-file #coordinates #reference #bioinformatics

  24. blobtk

    BlobToolKit的核心工具

    v0.5.3 #bioinformatics #genomics #genome #blobtoolkit #python-bindings #command-line-utilities #file-format

  25. checkm

    基因组评估器

    v0.2.0 #genome #tabs #table #assessor #format #people #subject

  26. strif

    识别基因组中短串联重复序列的中断

    v0.2.1 #str #repeat #tandem #interruption #short #genome #tool

  27. genome

    用于生成GAN生成器DNA的包

    v0.3.0 #dna #random #sequence #generate #generator #gan #create

  28. lorikeet-rs

    元基因组菌株解析器

    v0.3.0 #resolver #read #strain #metagenomics #reference #bam #genome

  29. genomic

    用于实现遗传算法的小型crate

    v0.2.0 #genetic #chromosome #algorithm #genetic-algorithm #crossover #mut #genome

  30. oxineat-nn

    OxiNEAT crate的Genome特质的神经网络实现

    v0.1.1 #neural-network #neat #genome #traits #input #oxineat #activation

  31. gfacut

    剪切基因组的一部分

    v0.1.4 #genome #parts #cutting

  32. genome_counter

    使用SIMD和并行性计算基因组中ACGT字母的频率

    v0.2.0 #letter #count #genome #simd #parallelism #frequency #acgt

    33. 尝试使用DuckDuckGo进行搜索。搜索.

  33. rge

    参考基因组浏览器

    v0.2.0 #genome #reference #explorer #region #report #detect #chromosome

  34. metaprofile

    将WGS数据按基因组分段成窗口。可选地，为每个窗口运行诸如alphabeta等工具。

    v0.3.0 #数据分析 #基因组 #窗口 #alpha-beta #窗口 #WGS #遗传

  35. petri

    进化计算工具包

    v0.0.4 #进化 #工具包 #计算 #算法 #基因组 #锦标赛 #变异

  36. crispr

    使用CRISPR/Cas9设计sgRNA进行基因组工程

    v0.1.0 #基因组 #工程 #设计 #sg-rna #crispr-cas9