bigwig2bam 工具

bigwig2bam 是一个小型的 Rust 程序，用于将 bigwig 文件转换为 bam 文件

安装

您需要安装 cargo

• curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSfhttps://sh.rustup.rs | sh
• sudoapt install cargo
• sudopacman -Srust
• brewinstall rust

然后运行以下命令

cargo install bigwig2bam --version 0.1.1

您也可以使用 lbmc/bigwig2bam:0.1.1 Docker 镜像

docker run -it lbmc/bigwig2bam:0.1.1 bigwig2bam

用法

示例

bamcalib \
  --bigwig IP_11.bigwig \
  --fasta genome.fasta \
  --bam IP_11.bam \
  --read_length 150

bigwig2bam 预期以下参数

• --bigwig <bigwig_file> 要转换的 bigwig 文件
• --fasta <fasta_file> 从中生成读序列的 fasta 基因组
• --output-bam <bam_file> 输出 bam 文件（排序）

可选参数

• -c, --cal-prefix <cal_prefix> 添加到校准基因组的染色体名称中的校准前缀（默认： calib_）
• --read_length <value> 要生成的读取大小
• --avoid-empty-bam 将 +1 添加到密度以避免空的 bam 文件
• -h, --help 打印帮助信息
• -V, --version 打印版本信息