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alignoth

从bam文件创建对齐图的工具。默认情况下，生成的 vega-lite 图表将写入标准输出。一个生成的图表示例可以在这里看到这里。alignoth 名称源自可视化的对齐和星号 alioth (使用vega图表)。

用法

alignoth-b 路径/到/我的.bam-r 路径/到/我的/参考.fa-g chr1:200-300 >plot.vl.json

要直接生成svg、png或pdf格式的图表，我们建议使用 vega-cli 和 vega-lite-cli 软件包

alignoth-b 路径/到/我的.bam-r 路径/到/我的/参考.fa-g chr1:200-300 |vl2vg|vg2pdf>plot.pdf

要在html文件中生成交互式视图，请使用 --html 并将输出捕获到文件中

alignoth -b path/to/my.bam -r path/to/my/reference.fa -g chr1:200-300 --html > plot.html

使用alignoth时，以下选项可用

参数	简称	说明	默认值
bam路径	-b	要可视化的bam文件。
参考	-r	参考fasta文件的路径
区域	-g	可视化用的染色体和区域。例如：2:132424-132924
附近	-a	定义要绘制的区域的染色体和基位置。例如：2:17348
突出显示	-h	要突出显示的可视化中的区间或单个基位置。例如：132400-132500或132440
plot-all	-p	在指定区域绘制所有读取序列。我们建议仅对此命令用于小型的 bam 文件和单个目标。	false
最大读取深度	-d	设置显示在比对图中的最大行数	500
最大宽度	-w	设置结果比对图的最大宽度	1024
输出	-o	如果存在，生成的图的数据和 vega-lite 规范将被分割并写入指定的目录
数据格式	-f	设置读取、参考和高亮数据的输出格式	json
辅助标签	-x	在图例的提示中显示给定的辅助标签内容。可以多次使用以显示多个标签。
规范输出		如果存在，vega-lite 规范将被写入给定的文件路径
读取数据输出		如果存在，读取数据将被写入给定的文件路径
参考数据输出		如果存在，参考数据将被写入给定的文件路径
高亮数据输出		如果存在，高亮数据将被写入给定的文件路径
HTML		如果存在，生成的图将被插入到包含图的简单 HTML 文件中，然后写入标准输出

安装 alignoth 有多种方式

Rust-Bio-Tools 可通过 Bioconda 获取。使用 Bioconda 设置后，安装就像这样

conda install alignoth

如果已安装 Rust 编译器和相关的 Cargo，则可以通过以下方式安装 alignoth

cargo install alignoth

下载源代码，然后在源代码根目录下运行

cargo install

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