Lib.rs

› 关键词 #生物信息学 #htslib #bam格式 #基因组 #读取 #累积 #测序

##bam

  1. rust-htslib

    HTSlib 绑定和用于读取和写入 BAM 文件的 Rust 高级 API

    v0.47.0 3.7K #bam #生物信息学 #测序 #htslib #累积

  2. alignoth

    从 bam 文件创建对齐图

    v0.12.1 #plot #bam #vega-lite #对齐 #html #生成 #格式-json

  3. rustybam

    Rust 生物信息学工具包

    v0.1.33 #bam #paf #liftover #cli

  4. coverm

    用于宏基因组学的读取覆盖率计算器

    v0.7.0 #覆盖率 #读取 #宏基因组学 #bam #计算器 #基因组 #dna

  5. dtools

    用于处理 Commodore 光盘镜像的工具集合

    v0.1.1 240 #disk-image #读写 #d64 #c64 #扇区 #格式 #bam

  6. fibertools-rs

    Rust 中的 Fiber-seq 工具包

    v0.5.3 550 #bam #bfx #cli

  7. noodles-bcf

    二进制调用格式（BCF）读取器和写入器

    v0.59.0 1.2K #bcf #生物信息学 #二进制格式 #noodles #bam #bam格式 #写入器

  8. hts-sys

    HTSlib 绑定

    v2.1.4 4.0K #生物信息学 #bam #测序 #htslib #累积 #格式

  9. bigwig2bam

    将 bigwig 文件转换为单端 bam 文件的命令行工具

    v0.1.4 #bam #文件 #基因组 #转换 #bigwig #fasta #命令行

  10. deepbiop-bam

    Bam 格式的深度学习处理库

    v0.1.10 950 #深度学习 #bam #bam格式 #数据 #数据处理 #生物 #生物信息学

  11. noodles-util

    noodles 支持工具

    v0.50.0 130 #file-format #noodles #bam #bam-format #bioinformatics #bcf #bgzf

  12. bam

    允许读写 BAM、SAM 和 BGZIP 文件，完全使用 Rust 编写

    v0.1.4 290 #sam #read-write #bgzip #pileup #reader-writer #htslib

  13. bamcalib

    用于计算来自 Chip-Seq 实验校准后的 bam 文件的标准化 bigwig 的命令行工具

    v0.1.5 #bam #data #normalization #file #bigwig #genome #normalized

  14. ambigviz

    从 BAM 文件中识别并绘制给定位置的模糊核苷酸碱基

    v0.1.0 #bam #biology #genomics #bioinformatics #visualization

  15. hts

    Rust 的 htslib 绑定

    v0.1.18 #d4 #depth #sequencing #read #cram #bam #format

  16. bamrescue

    检查二进制序列比对/映射（BAM）文件是否损坏并修复它们

    v0.3.0 #bam #data-integrity #check #data-file #integrity #sequence-alignment #repair

  17. mpileup

    逐位点堆叠多个 bam 文件

    v0.0.28 #bam #multiple #reference #up #bed #mutation #region

  18. exon-bam

    外显子 BAM

    v0.31.0 600 #bam #bioinformatics #exon #data #file-format #arrow #life

  19. bam-builder

    轻松构建用于测试的 BAM

    v1.0.0 #bam #bioinformatics #genomic #htslib

  20. mudskipper

    将基因组比对转换为转录组 BAM/RAD 文件

    v0.1.0 #genomic #bam #bam-format #file #alignments #reads #bioinformatics

  21. bamsalvage

    bamsalvage 的 Rust 版本，尽可能从损坏的 BAM 文件中检索序列

    v0.1.3 #bam #fastq #fasta #long-read #science-bioinformatics

  22. lorikeet-rs

    宏基因组学中的菌株解析器

    v0.3.0 #resolver #read #strain #metagenomics #reference #bam #genome

  23. bio-io

    我用于读取和写入生物信息学文件格式的实用程序

    v0.3.2 100 #bam #file-format #bfx #library

    24. 尝试使用 DuckDuckGo 进行搜索。

  24. bamkit

    bam 文件操作程序

    v0.2.0 #bam #sam #hts #cli

  25. bam2seq

    使用 CIGAR 和 MD 标签从 .bam 文件中提取读数和重建的参考序列

    v0.1.2 #bam #sam #bioinformatics #cli

  26. filter-clipped

    用于从对齐文件中过滤出高度剪接的 NGS 读数的 bam/sam 工具

    v0.3.0 #alignment #read #high #bam #clipped #filtering #numbers

  27. cramino

    快速从 bam 或 cram 文件中提取质量指标

    v0.9.0 #cram #bam #bioinformatics #pacbio #ont #alignment

  28. bamlift

    在 BAM 文件中移动位置

    v0.3.0 #bam #bfx #library

  29. binstat

    按 bin 统计基因组数据

    v0.0.1 #stats #bin #gc #bam #fa #genomics #data

  30. filter_cigars

    过滤 BAM 文件中零位置有插入/删除的读数，这会导致变异调用器 mutato 出错

    v0.0.1 #bam #mutato #cigars #filter #give #error #cigar