mpileup

安装

cargo install mpileup

用法

堆叠基和插入/删除数量

mpileup base --target test/region.bed --reference test/reference.fa --input test/sample1.bam test/sample2.bam -g -d 10

在此子命令（示例）中，

• 在 region.bed 中堆叠区域内的读取
• 使用 reference.fa 作为参考
• 接受多个输入 bam 文件：sample1.bam、sample2.bam...
• 使用参数 -g 报告插入/删除
• 使用参数 -d 10 设置深度截止值为 10

计数读取数量

mpileup count --target test/region.bed --reference test/reference.fa --input test/sample1.bam

在此子命令（示例）中，

• 每次只支持一个文件

文档

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待办事项

• 支持 sam 标志筛选
• 支持读取末端的修剪
• 通过 qname 上的 UMI 删除重复项
• 按自定义标签（如细胞条形码）分组结果