Rust-Bio-Tools

基于Rust-Bio的一系列超快速、鲁棒的生物信息学任务命令行实用工具。Rust-Bio-Tools提供rbt命令，目前支持以下操作

• 两个vcf/bcf文件的模糊匹配的线性时间实现 (rbt vcf-match)
• vcf/bcf到txt的转换器，可以灵活选择标签并正确处理多态位点 (rbt vcf-to-txt)
• 线性时间的FASTQ轮询分割器，将给定的FASTQ文件分割成指定数量的块 (rbt fastq-split)
• 在给定位点从BAMs中提取深度信息的线性时间实现 (rbt bam-depth)
• 从FASTQ文件中快速过滤记录的实用工具 (rbt fastq-filter)
• 使用标记重复或独特的分子标识符（UMI）合并BAM或FASTQ读取的工具 (rbt collapse-reads-to-fragments bam|fastq)
• 生成基于HTML的交互式报告的工具，提供多个图表可视化提供的VCF和BAM格式的基因组数据 (rbt vcf-report)
• 一个从csv文件生成交互式HTML报告的工具，包括可视化（rbt csv-report）
• 一个工具，可以将VCF/BCF文件分割成N个相等的块，包括BND支持（rbt vcf-split）
• 一个工具，可以生成包含单个HTML文件的给定参考中包含的BAM文件中特定区域的可视化（rbt plot-bam）

根据作者的需求添加了更多功能。如果您想自己做出贡献，请查看贡献部分。要查看变更列表，请参阅CHANGELOG。

安装

需求

Rust-Bio-Tools依赖于rgsl，该依赖需要安装GSL

• Ubuntu: sudo apt-get install libgsl-dev
• Arch: sudo pacman -S gsl
• OSX: brew install gsl

Bioconda

Rust-Bio-Tools可通过Bioconda获得。设置好Bioconda后，安装过程就像

conda install rust-bio-tools

Cargo

如果已安装Rust编译器和相关的Cargo，则可以通过以下方式安装Rust-Bio-Tools：

cargo install rust-bio-tools

源代码

下载源代码，然后在源代码根目录下运行

cargo install

用法和文档

Rust-Bio-Tools安装了一个命令行工具rbt。输入

rbt --help

以获取所有选项和工具的摘要。

贡献

欢迎任何贡献。如果您计划做出贡献，我们建议安装pre-commit钩子。为此

1. 如此处所述安装pre-commit
2. 在rust-bio-tools基础目录中运行pre-commit install

这应该会在提交时格式化、检查和清理您的代码。

作者

• Johannes Köster (https://koesterlab.github.io)
• Felix Mölder
• Henning Timm
• Felix Wiegand