CRISPR Screen

此工具是对原始论文中描述的 MAGeCK 差异表达算法的重构，并包括了选项。它还扩展了该算法，并提供了 MAGeCK-INC 管道的选项，该管道对非靶向控制进行曼-惠特尼 U 检验以进行基因得分的聚合，而不是传统的 alpha-RRA 算法。此项目的目标是实现一个高效、易用的 CRISPR-screening 平台，在不牺牲效率和可解释性的前提下尽可能简化使用。

安装

安装 Rust

如果您尚未安装 rust 工具链，可以使用以下命令进行安装

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

安装 CRISPR Screen

cargo install crispr_screen

用法

此工具旨在从命令行运行，并至少需要 3 个参数

1. sgRNA-基因计数表
2. 对照组标签
3. 处理组标签。

以下示例列表并不详尽，如果您对任何参数有疑问，建议运行帮助菜单

crispr_screen --help

使用单个对照组和单个处理组的基本运行

以下是仅使用这些参数的基本运行的命令布局

crispr_screen test -i <count_table> -c <control_label> -t <treatment_label>

使用单个对照组和多个处理组的基本运行

如果您有多个处理组和/或对照组标签，您可以为同一标志提供多个参数。在这种情况下，我为同一个 -t 标志提供了两个处理组标签。

crispr_screen test -i <count_table> -c <control_label> -t <treatment_label_a> <treatment_label_b>

使用指定输出前缀的基本运行

默认情况下，这将把 sgRNA 级别和基因级别的结果写入 results.sgrna_results.tab 和 results.gene_results.tab，但您可以使用 -o 标志指定自己的输出前缀（即替换 results）。

crispr_screen test -i <count_table> -c <control_label> -t <treatment_label> -o my_prefix

替代归一化策略

当前此工具提供两种归一化策略 - MedianRatio 和 Total。您可以使用 -n 标志指定您想使用哪一个。两个接受的选项是 median-ratio 和 total。

crispr_screen test -i <count_table> -c <control_label> -t <treatment_label> -n total

备选基因聚合策略

当前此工具提供两种基因聚合策略 - AlphaRRA 和 INC。默认的基因聚合策略是 AlphaRRA。然而，您可以使用 -g 标志指定您想使用哪一个。两个接受的选项是 rra 和 inc。

crispr_screen test -i <count_table> -c <control_label> -t <treatment_label> -g inc

参考文献

• Li et al 2014
• MAGeCK-iNC
• Kampmann et al 2013
• Kampmann et al 2014
• Kolde et al 2012