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needletail
FASTX 解析和 k-mer 方法
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niffler
对压缩文件提供透明支持
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rust-htslib
HTSlib 绑定和一个用于读取和写入 BAM 文件的高级 Rust API
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bio
为 Rust 提供的生物信息学库。这个库实现了许多对生物信息学有用的算法和数据结构，但也可用于其他领域。
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rasusa
随机子采样读取或比对
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blutils-cli
blutils 库的 CLI 端口
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thirdkind
读取 newick、phyloXML 或 recPhyloXML 文件中的系统发育树（s），并构建树（s）的 svg 表示形式，允许 1、2 或 3 个协调级别
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lightmotif
一个轻量级平台加速库，用于使用位置权重矩阵进行生物 motif 扫描
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noodles
生物信息学 I/O 库
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crispr_screen
为 CRISPR 屏幕提供快速且可配置的差异表达分析工具
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minimap2
与libminimap2的绑定
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rust-bio-tools
基于Rust-Bio的一套快速且健壮的命令行生物信息学工具
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atg
在不同文件格式之间转换转录本
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finch
针对基因组数据的最小独立排列局部敏感哈希（MinHashing）和命令行工具
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bed-reader
简单高效地读取和写入PLINK BED格式
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wdl-lint
工作流描述语言（WDL）文档的lint规则
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intspan
用于IntSpan相关生物信息学操作的命令行工具
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bio-seq
位打包且类型良好的生物序列
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fasten
运行fastq文件基本分析的脚本集
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sgcount
快速灵活的sgRNA计数器
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fxtools
一系列命令行Fasta/Fastq实用工具
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classeq-watcher
Classeq项目的监视器
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htsget-search
htsget-rs 与生物信息学文件交互和处理的 主要机制。它通过使用 noodles 查询文件及其索引来实现。
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classeq-cli
classeq 库的命令行界面
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deepbiop-cli
生物数据处理 CLI 工具
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haddock-restraints
生成用于 HADDOCK 的约束
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atglib
处理基因组学和转录组学的转录
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htsget-actix
使用 htsget-config 配置的 htsget-rs 的 web 服务器实例
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rust-lapper
一个快速且简单的区间重叠库
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htsget-http
在 htsget-rs 中处理 HTTP
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kun_peng
Kun-peng：适用于所有生物分类的快速、低内存占用且准确的分类器
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htsget-test
由 htsget-rs 使用的常用测试函数和实用工具
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perbase
快速且正确的 perbase BAM/CRAM 分析
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sigalign
一种基于相似性的对齐算法
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源码
用于比较生物序列的k-mer草图工具
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RNA笔记
用于绘制RNA二级结构的命令行工具
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WHAM
加权直方图分析方法
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fqtk
用于处理FASTQ文件的工具包
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wdl
工作流描述语言（WDL）文档的词法分析、解析、验证和代码审查
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coprosize
粪便石研究（古生物学和考古学）：使用回归模型根据粪便石直径估算生产者的体重
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pippeak
将PIPSeq文件转换为10X Genomics兼容的FASTQ文件
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scidataflow
用于管理科学研究项目数据的命令行工具
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classeq-api
Classeq的API
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nohuman
从测序运行中移除人类读数
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nwr
nwr是一个用于newick和分类学的命令行工具 -
consalifold
基于结构对齐的错误纠正参与的共识二级结构预测器
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genome-graph
基因组图的表示
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compact-genome
基因组表示
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stats_on_gff3
计算诸如CDS GC3比率、内含子GC比率、相邻基因区域GC比率、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比率等统计信息。示例：stats_on_gff3 Homo_sapiens…
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omnitigs
与Omnitig相关的算法
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ska
分割k-mer分析
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htsget-lambda
使用AWS Lambda的基于云的htsget-rs实例，可以使用htsget-config进行配置
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bedrs
基于rust的基因组区间库
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rna-ss-params
RNA二级结构参数
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fxread
用于rust的简单fastx阅读器
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ontime
基于时间提取ONT（纳米孔）读数的子集
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diced
MinCED算法在完整或组装的基因组中识别CRISPR的重实现
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stats_on_gff3_ncbi
计算诸如CDS GC3比率、内含子GC比率、相邻基因区域GC比率、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比率等统计信息
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gia
基因组区间的集合论运算
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consprob
基于RNA结构比对快速概率推理引擎
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ggetrs
从命令行高效查询生物数据库
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bgzip
bgzip的Rust实现
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ebiotic
与常见的生物信息学Web服务交互
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psdm
从一个或两个比对中计算成对SNP距离矩阵
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nafcodec
Nucleotide Archive Format (NAF)文件格式的Rust编码/解码器
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disambiseq
为DNA序列创建无歧义的单次错配库
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deepbiop
生物数据的深度学习处理库
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bcf_reader
一个轻量级的纯Rust库，允许高效、跨平台访问BCF文件中的基因型数据
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consalign
基于迁移学习和热力学集合模型的RNA结构比对器
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sprocket
工作流描述语言文件的包管理器
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noodles-cram
CRAM格式读取器和写入器
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minimizer-iter
遍历DNA序列的最小化器
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noodles-bcf
二进制调用格式（BCF）读取器和写入器
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hts-sys
HTSlib绑定
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taxonomy
加载、保存和操作分类树的例程
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consprob-trained
RNA结构比对的可训练概率推理引擎
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noodles-bam
二进制对齐/映射（BAM）格式读取器和写入器
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htsget-storage
为htsget-rs提供存储接口和抽象
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noodles-sam
序列对齐/映射（SAM）格式读取器和写入器
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biotest
为生物信息学生成随机测试数据
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lightmotif-py
PyO3绑定和lightmotif crate的Python接口
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seqsizzle
一个用于查看具有模糊匹配的FASTQ文件的分页器，允许不同的适配器以不同的颜色显示
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noodles-fasta
FASTA格式读取器和写入器
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phylo
用rust编写的可扩展系统发育库
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rboss
Rust生物信息学工具箱
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parasail-rs
parasail的Rust绑定和包装器，parasail是一个用于成对序列对齐的SIMD C库
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noodles-vcf
变异调用格式（VCF）读取器和写入器
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noodles-gff
通用特征格式（GFF）读取器和写入器
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bio-streams
生物信息学数据流类型
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exon-bigwig
处理BigWig文件的exon的子crate
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deepbiop-bam
Bam格式的深度学习处理库
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wdl-analysis
工作流程描述语言（WDL）文档的分析
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recmap
在Rust中读取和使用重组图谱
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ncbi_dl
下载NCBI基因组文件
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nucleob
生物信息学：核苷酸和氨基酸统计
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fasta_split
将fasta文件分割成多个fasta文件
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librna-sys
ViennaRNA库的低级绑定
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classeq-core
classeq项目的核心库
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genomap
通过染色体索引存储通用基因组数据的小型库
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noodles-util
noodles支持工具
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noodles-csi
坐标排序索引（CSI）格式读取器和写入器
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noodles-fastq
FASTQ格式读取器和写入器
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noodles-gtf
基因转移格式（GTF）读取器和写入器
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vcf
VCF解析器
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exon-sdf
外显子SDF
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slow5
与slow5交互
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ehxacto
从ExpansionHunter denovo识别的近似区域中查找精确串联重复坐标
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noodles-bed
BED (浏览器可扩展数据) 读取器
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granges
基因组范围操作命令行工具
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lightdock
基于GSO算法的大分子对接软件
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ffforf
fasta/q/x文件格式解析器。高度模糊。
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fastx
以低开销读取Fasta和FastQ文件
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classeq-ports-lib
Classeq端口之间共享元素的基本库
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jam-rs
使用Rust实现的另一个（基因组）minhash（Jam）实现
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ambigviz
从BAM文件中识别并绘制给定位置的模糊核苷酸碱基
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lightmotif-tfmpvalue
Rust对lightmotif crate的TFMPvalue的重实现
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rna-algos
RNA生物信息学算法
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lightmotif-io
lightmotif crate的几种格式的解析器实现
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geopagg
sgRNAs跨基因分组p值聚合的算法
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seqkmer
序列kmer
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phylotree
处理系统发育树和距离矩阵
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yacrd
通过所有对全部的读取映射，yacrd执行：每个读取的覆盖计算和嵌合体的检测
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diced-py
PyO3绑定和Python接口到diced包
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genomicsqlite
SQLite的基因组扩展
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noodles-tabix
Tabix (TBI) 格式读取器和写入器
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finch_cli
针对基因组数据的最小独立排列局部敏感哈希（MinHashing）和命令行工具
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alpha-rra
对基因组的p值聚合算法
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gtftools
一个快速的基于nom的IO的GTF工具包
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mmap-bitvec
使用基于内存映射文件的位向量进行操作
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rust-sasa
RustSASA是一个使用Shrake-Rupley算法计算给定蛋白质结构中每个原子的绝对溶剂可及表面积（ASA/SASA）的Rust库
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gtokenizers
侧重于区域集数据的基因组数据标记
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jseqio
读取和写入FASTA或FASTQ格式的生物序列
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lorikeet-genome
通过本地组装进行宏基因组学菌株解析和变异检测
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podders
使用原生Rust编写未压缩的Pod5文件。无FFI！PODDERS
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exon-common
Exon的通用工具
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fpa_lr
将fpa过滤器长读映射信息以节省磁盘空间
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noodles-htsget
htsget客户端
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nthash
用于在DNA序列中对所有可能的k-mer进行哈希的滚动哈希函数
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cytos
用Rust编写的常用生物信息学脚本/任务的集合
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simplr
一个增强的执行上下文，简化长读转录组分析
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stats_on_genomes
在整个基因组上计算2个简单的比率：GC比率和重复比率
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prot_translate
将核酸序列翻译成蛋白质
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blutils-proc-adapter
运行和分析Blast结果更加简单
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exon-vcf
Exon VCF
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exon-mzml
Exon MzML
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pdb-handler
处理 PDB 文件的功能
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exon-benchmarks
exon 的可执行基准
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exon-sam
Exon SAM
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exon-fasta
使用 Exon 读取和写入 FASTA 文件
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exon-gff
使用 Exon 读取和写入 GFF 文件
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exon-bam
Exon BAM
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noodles-refget
refget 客户端
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ncbitaxonomy
从文件中读取 NCBI 分类数据库并与 NCBI 分类数据库一起工作
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fastax
从 NCBI 分类数据库制作系统发育树和谱系
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exon-bed
用于处理 BED 文件的
exoncrate 的子crate -
oxbow
在 R、Python 等中读取特定的生物信息学文件格式作为数据帧
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exon-fcs
Exon FCS
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exon-fastq
Exon的FASTQ支持
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exon-gtf
Exon的GTF数据源
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exon-genbank
Exon GenBank
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guide-counter
为CRISPR筛选快速准确的指南计数
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bam-builder
轻松构建用于测试的BAM
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nom-pdb
使用nom实现的PDB解析器
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cgt_bacpop
在宏基因组数据中标记核心和稀有基因
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exon-bcf
Exon BCF
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minimap2-sys
与libminimap2的绑定
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exon-cram
Exon CRAM
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sabreur
用于fasta和fastq文件的条形码去复用工具
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nafcodec-py
PyO3绑定和nafcodec crate的Python接口
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rust_sbml
SBML解析器
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gfa
在GFA（图形片段组装）格式中处理图
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gfautil
用于处理GFA文件和相关格式的命令行工具
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mudskipper
将基因组比对转换为转录组BAM/RAD文件
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scispeak
将Sci-RNA-Seq3文件转换为10X Genomics兼容的FASTQ文件
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rumi
通过方向邻接进行PCR去重
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nu_plugin_bio
在nushell中解析和处理常见的生物信息学格式
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crussmap
更快地将基因组坐标在不同参考组装之间转换的工具。支持的文件格式：[BED,…]。此项目重构了CrossMap…
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sigalign-utils
核心工具
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slow5lib-sys
对slow5lib C库的低级绑定
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spdi
用于描述基因组变异的格式。此crate提供了一个库，用于获取变异的SPDI格式表示，以及一个命令行工具，可以将SPDI格式输出添加到输入VCF文件中。
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pooled-writer
使用N个线程写入M个压缩文件/写入器
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libparasail-sys
不安全的parasail C库Rust绑定
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freesasa-sys
对freesasa C库的Rust原始FFI绑定
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blobtk
BlobToolKit的核心工具
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sdsl
Succinct数据结构库的接口
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cpr
CapR，高效的RNA上下文概率估算器
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gtfjson
将GTF文件转换为换行符分隔的JSON
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bio-jtools
一套用于与高通量测序（HTS）数据交互的生物信息学工具
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rustynuc
快速分析pileups以确定8-oxoG位置的可能性
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biofile
读取生物信息学相关文件
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drprg
基于参考图的药物耐药性预测
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crast
上下文RNA对齐搜索工具
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handlegraph
在变异图中
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samcomp
序列对齐/映射文件的比较工具
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entrez-rs
Entrez API的Rust包装器
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kractor
根据Kraken2的物种分类从FASTQ文件中提取读取
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saboten
弯曲图、仙人掌图和树，以及一个在变异图中发现超泡的算法
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fusta
利用FUSE接口透明地操作多FASTA文件作为独立文件
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fqgrep
搜索一对fastq文件，以匹配给定的参考或替代序列的读段
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xdrfile
gromacs libxdrfile库的包装器。可以用于以xtc和trr格式读取和写入gromacs轨迹。
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casgen
一种生成cas12 6-plex CRISPR序列的方法
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ppgg
关联的可执行文件，该库提供了构建工具的工具，这些工具可以解析和操作VCF和FASTA文件，而关联的可执行文件是一个用于生成……的命令行工具
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census-proteomics
与Census算法量化的蛋白质组学数据进行工作
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read-structure
解析和使用读结构描述
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patoz
蛋白质数据银行（pdb）文件解析器
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pilercr-parser
PILER-CR CRISPR阵列注释工具输出的解析器
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alpine-core
ALPINE（历史性的谱系和持续感染探索器）核心工具
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chiral-common
手性常见工具：一个一站式数据处理工具
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biogarden
一组基本的生物信息学算法
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hyperex
基于高度可变区引物的提取
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biostats
一个生物信息学库
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minced-parser
MinCED CRISPR 数组注释工具输出的解析器
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intc
使用*-INC方法计算CRISPR筛选中非靶向对照的实证FDR
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casmap
用于计算和表征cas12 6-plex CRISPR筛选构建的方法
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blutils-core
运行和分析Blast结果更加简单
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phyloprob
预测RNA结构比对的平均后验概率的程序
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ross
运行fastq文件基本分析的脚本集
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skc
两个基因组之间的共享k-mer内容
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icd-converter
基于CDC的GEMs，快速有效地在ICD-10（CM和PCS）和ICD-9（CM和PCS）代码之间转换
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protein-translate
将核酸序列翻译成蛋白质
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readmerger
快速合并FASTQ文件。再也不用cat了！
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fffx
fasta/q/x文件格式解析器。高度模糊。
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alpaca
用于从下一代测序数据中调用基因组变异（单核苷酸和小插入/缺失）的程序，该程序采用新颖的代数方法将基于样本的过滤纳入调用...
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lightmotif-transfac
lightmotif crate的TRANSFAC解析器实现
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miniprot-sys
libminiprot的绑定
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sigalign-core
sigalign的核心crate
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hirschberg
Rust语言中Hirschberg算法的通用实现
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multi-seq-align
操纵多个序列比对（DNA/蛋白质）
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gpu-sw
支持GPGPU的SW算法
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scailist
一个快速且简单的区间重叠库
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protein
处理蛋白质结构
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rosalind-cli
为
rosalindcrate提供的命令行界面 -
rust-parallelfastx
并行迭代FASTA/FASTQ文件，当序列顺序不重要但速度重要时使用
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krakenxtract
根据Kraken2的物种分类从FASTQ文件中提取读取
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rm-frust5-api
处理牛津纳米孔技术FAST5文件的HDF5crate包装器
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splici
生成用于序列比对的剪接和未剪接参考转录本
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syncmers
寻找syncmers
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bgzf
处理显式BGZF压缩数据
-
conshomfold
预测全局单RNA二级结构，以考虑稀疏的全局成对RNA结构比对
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GetPDB
从rcsb.org下载蛋白质文件
尝试使用 DuckDuckGo 搜索。