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blutils-cli
blutils库的CLI端口
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d4-framefile
D4文件格式的Framefile容器crate
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bio-seq
位打包且类型良好的生物序列
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classeq-watcher
Classeq项目的监视器
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classeq-cli
Classeq库的命令行界面
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classeq-api
Classeq的API
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coverm
宏基因组读覆盖率的计算器
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umgap
Unipept宏基因组分析管道
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fxread
rust的裸骨fastx读取器
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flowtigs
在宏基因组DNA读取的De Bruijn图上计算flowtigs的算法
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minimizer-iter
遍历DNA序列的最小化器
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disambiseq
创建明确的单次不匹配的DNA序列库
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核苷
生物信息学:核苷酸和氨基酸统计
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classeq-core
classeq项目的核心库
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base_sequence_compression
压缩和解压缩DNA序列
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classeq-ports-lib
用于在Classeq端口间共享元素的基库
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lightdock
基于GSO算法的大分子对接软件
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seqkmer
序列kmer
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sequence_domain
DNA/RNA序列域
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ecdna-lib
ecDNA的进化分布(ecDNA)
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debruijn
DNA序列的工具:高效的k-mer操作,De Bruijn图构建和压缩,以及DNA字符串的处理
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seal
Needleman-Wunsch & Smith-Waterman序列对齐
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codenano
编辑DNA分子设计
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blutils-proc-adapter
更容易运行和分析Blast结果
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codenano-server
在浏览器中编辑DNA分子设计
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prot_translate
将核酸序列翻译成蛋白质
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frag_gene_scan_rs
适用于短读段和易出错的基因预测模型
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diploid-contam-estimator
估算二倍体DNA测序库中的污染水平
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sbwt
使用谱Burrow-Wheeler变换对DNA k-mer集合进行索引
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genome
用于生成GAN生成器的DNA的包
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partialdebug
部分调试
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cadnano-format
Cadnano使用的格式的接口,用于表示DNA折纸设计
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links
从html和javascript中查找链接 🧬
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basebits
将DNA编码到u64中,以允许进行恒定时间的汉明距离计算
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blutils-core
更容易运行和分析Blast结果
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nucleobases
低级砖块库,用于将核苷酸作为数据在代码中管理
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protein-translate
将核酸序列翻译成蛋白质
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holochain_scaffolding_cli
CLI工具,用于轻松生成和修改holochain应用
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sdust
对称DUST算法,可选的CLI版本
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jean_blosum
为jean提供的BLOSUM特征
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dnas
生成和解析DNA碱基
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rust-spoa
封装了C++ SPOA库以生成DNA和蛋白质一致性序列
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multi-seq-align
操作多个序列比对(DNA/蛋白质)
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ncrs
一个轻量级的Rust库,用于加载和存储核酸序列(DNA或RNA)及其注释,最小化依赖
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rust-gc-count
GC和序列工具
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holochain_types
Holochain常用类型
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rust-seq2kminmers
从DNA序列构建和迭代k-min-mers
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jean_cut
为jean提供的密码子使用表功能
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ncbi
Rust数据结构用于NCBI API
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hc_deepkey_types
Deepkey DNA Zomes使用的定义
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links_js
从JavaScript中抓取链接 🧬
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links_html
从HTML中抓取链接 🧬
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holochain_cli_bundle
为
hc
Holochain CLI 工具提供的 DNA 和 hApp 打包功能 -
gattaca
使用DNA中发现的四种碱基(核苷酸)进行的 base4 编码
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jean
一个用于Rust的生物信息学实用程序库,包括序列比对、基因组注释和生物文件I/O
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hc_deepkey_sdk
Deepkey DNA Zomes的SDK
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ksw2-sys
为ksw2序列比对库提供的Rust绑定
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holochain_deepkey_dna
用于Holochain的Deepkey DNA的集合
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hc_portal_types
Portal DNA Zomes使用的定义
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nucleic-acids
创建DNA和RNA序列
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meow
MEOW作为DNA的隐喻
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li-stephens
Li+Stephens模型,用于预测测试序列在给定参考单倍型集的概率
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jean_io
为jean提供的I/O库功能
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jean_macros
为jean提供的宏库功能
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dna
一些工具目前因为不够精细和不稳定,所以是'内部'使用的,但被其他'公共'crate使用
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orf
将核酸序列转换为氨基酸序列。(RNA和DNA,调整阅读框并反转)
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