#dna #sequence #region

bin+lib sdust

对称 DUST 算法实现,可选 CLI

1 个不稳定版本

0.1.0 2022年5月5日

300生物学 中排名

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335 代码行

对称 DUST 实现

在 DNA 序列中查找低复杂性区域。

附带一个可选的二进制文件,可以像 dustmasker 一样使用,尽管它目前仅支持 fasta 输出,软输出等同于 dustmasker 的 --outfmt fasta,或硬输出,将所有掩蔽的碱基替换为 Ns。

  • 论文:[链接](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16796549/)
  • 致谢:使用了 [minimap2 的 sdust.c](https://github.com/lh3/minimap2/blob/master/sdust.c) 以验证输入,并重用了其逻辑

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