basebits

一个用于高效内存的短 DNA 序列编码库。

概述

何时使用此库？如果您需要将字符串进行比较超过 4 次，则支付编码的成本会变得更有效率。

操作

恒时汉明距离计算。

示例

use basebits::{BaseBits, hamming_dist};

fn main() {
    let string1 = b"ACTGACTG";
    let string2 = b"ACTTACTG";

    let string1 = BaseBits::new(string1).unwrap();
    let string2 = BaseBits::new(string2).unwrap();

    assert_eq!(hamming_dist(&string1, &string2), 1);
}

参考

请参阅“恒时汉明距离”部分： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/648683v1.full

未来方向

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