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› 关键词 #生物信息学 #基因组学 #序列 #DNA #FASTA #集合 #基因组 #序列

##k-mer

needletail

FASTX 解析和 k-mer 方法

v0.5.1 12K #k-mer #生物信息学 #fastq #fasta #kmer
bio-seq

位打包和强类型生物序列

v0.13.0 #k-mer #dna #sequence #生物信息学 #基因组学 #kmer #数据编码
sourmash

用于使用 k-mer 绘图比较生物序列的工具

v0.15.1 500 #生物信息学 #min-hash #sketch #数据 #基因组学 #k-mer #序列
verify-same-kmer-content

验证一个 SPSS 与一组单元片段具有相同的 k-mer 内容

v1.3.1 #k-mer #set #content #verify #genomic #sequence #fasta
matchtigs

计算 k-mer 集合的小型和最小纯文本表示的不同算法

v2.1.7 330 #plain-text #k-mer #genome #compression #bio #kmer
kmerutils

Kmer 计数、哈希、序列草图

v0.0.11 #k-mer #kmer #基因组学 #bloom-filter #哈希 #草图绘制 #文件服务器
ska

分割 k-mer 分析

v0.3.10 170 #k-mer #生物信息学 #测序 #基因组学 #对齐
klassify

基于独特的 k-mer 内容对嵌合读数进行分类

v0.1.4 600 #reads #k-mer #genome #结构 #独特 #分类 #变异
seqkmer

序列 k-mer

v0.1.0 140 #k-mer #sequence #生物信息学 #DNA #基因组学
debruijn

DNA 序列工具：高效的 k-mer 操作、De Bruijn 图构建和压缩以及 DNA 字符串的处理

v0.3.4 210 #k-mer #graph #DNA #测序 #kmer
kmerHLL

kmer 计数、超日志日志、概率计数

v0.1.0 #kmerhll #k-mer #hyper-log-log #sequence #min-hash #probabilistic #fasta #counting
nthash

针对DNA序列中所有可能的k-mer的滚动哈希函数

v0.5.1 #bioinformatics #hash #rolling #hashing #sequence #genomics #k-mer
sbwt

使用光谱Burrow-Wheeler变换对DNA k-mer集合进行索引

v0.3.1 260 #k-mer #dna #indexing #structure #transform #set #data-structures
pattern_partition_prediction

读取和查询k-mer模式分区信息

v0.1.4 #mutation #k-mer #partition #pattern #point #information #probabilities
unitig_flipper

重新定位unitigs以减少SBWT中的哑节点数量

v0.1.0 #node #numbers #dummy #k-mer #unitigs #sbwt #minimize
skc

两个基因组之间的共享k-mer内容

v0.1.0 #k-mer #bioinformatics #k-mers

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