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› 关键词 #生物信息学 #fastq #序列 #文件格式 #k-mer #基因组 #解析器

##fasta

  1. needletail

    FASTX解析和k-mer方法

    v0.5.1 12K #k-mer #生物信息学 #fastq #fasta #kmer

  2. seq_io

    快速FASTA、FASTQ和FASTX解析

    v0.4.0-alpha.0 850 #fasta #fastq #数据处理 #bio #并行处理 #解析器

  3. minimap2

    绑定到libminimap2

    v0.1.20+minimap2.2.28 700 #生物信息学 #fasta #fastq #比对

  4. verify-same-kmer-content

    验证SPSS与一组单元igs具有相同的kmer内容

    v1.3.1 #k-mer #集 #内容 #验证 #基因组 #序列 #fasta

  5. entab

    记录格式文件读取器

    v0.3.3 #解析器 #记录格式 #fasta #文件读取器 #tsv #推断 #不同

  6. stats_on_gff3

    计算CDS GC3比率、内含子GC比率、基因旁区GC比率、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比率等统计信息。示例：stats_on_gff3 Homo_sapiens…

    v0.1.26 140 #gff3 #生物信息学 #fasta

  7. chromsize

    仅获取您的染色体大小

    v0.0.2 240 #大小 #fasta #染色体 #基因组

  8. fasta-stats

    对FASTA（生物序列）数据进行描述性统计分析

    v0.3.1 #fasta #统计 #序列 #生物 #数据 #计算 #描述性

  9. kseq

    fasta/fastq格式解析库

    v0.5.3 140 #fasta #fastq #文件路径 #文件I/O #文件格式 #fastx #记录

  10. stats_on_gff3_ncbi

    计算CDS GC3比率、内含子GC比率、基因旁区GC比率、第一个内含子长度、内含子数量、CpG比率等统计信息

    v0.1.52 #生物信息学 #gff3 #fasta

  11. psdm

    从一个或两个比对中计算成对SNP距离矩阵

    v0.3.0 #snp #矩阵 #成对 #生物信息学 #fasta

  12. seqdupes

    压缩序列重复

    v0.2.0 #fasta #fastq #duplicates #sequence #remove #compression #deduplicate

  13. faKit

    用于操作fasta文件的程序

    v0.3.8 150 #fasta #sequence #file-format #bio #fa #compression-level

  14. bigwig2bam

    将bigwig文件转换为单端bam文件的命令行工具

    v0.1.4 #bam #file #genome #convert #bigwig #fasta #command-line

  15. faimm

    使用mmapped文件对索引过的fasta进行随机访问

    v0.5.0 #random-access #memory-mapped #fasta #indexed #fai #file-read

  16. noodles-fasta

    FASTA格式读取器和写入器

    v0.42.0 5.3K #fasta #sequence #text-format #file-format #file-io #writer #bioinformatics

  17. fasta_split

    将fasta文件分割成多个fasta文件

    v0.1.3 #fasta #bioinformatics #split

  18. bio-streams

    生物信息学数据类型的流处理

    v0.3.1 #bioinformatics #fasta #fastq #genomics #data-streaming #data-stream

  19. ffforf

    fasta/q/x文件格式解析器。经过良好的模糊测试。

    v0.3.0 #bioinformatics #file-format #stop #sequences #fasta #end #orf

  20. fastx

    以较小的开销读取Fasta和FastQ文件

    v0.2.1 #fasta #fastq #bioinformatics #sequencing #genome #low-overhead #fast-q

  21. jseqio

    以FASTA或FASTQ格式读取和写入生物序列

    v0.1.3 #file-format #fasta #fastq #format-file #sequences #bioinformatics #reading

  22. motif_finder

    使用Gibbs抽样、中值字符串和随机基序搜索算法在读取的fasta格式文件中查找基序。请参阅README了解输入数据

    v0.9.2 #motif #search-algorithms #algorithm #fasta #input-file #motifs #find

  23. kmerHLL

    基序计数，超日志日志，概率计数

    v0.1.0 #kmerhll #k-mer #hyper-log-log #sequence #min-hash #probabilistic #fasta #counting

  24. 外显子-fasta

    使用Exon读取和写入FASTA文件

    v0.31.0 600 #exon #fasta #bioinformatics #data #reading #arrow #format

  25. stats_on_genomes

    在整个基因组上计算2个简单比率：GC比率和重复比率

    v0.1.1 #bioinformatics #fasta #ratio #repetition #calculate #gc #genome

  26. minimap2-sys

    绑定到libminimap2

    v0.1.19+minimap2.2.28 700 #bioinformatics #fastq #fasta #alignment #ffi

  27. sabreur

    用于fasta和fastq文件的条形码解复用工具

    v0.5.0 #bioinformatics #barcode #demultiplexing #read #fasta #fastq #tool

  28. fastleng

    读取长度统计工具

    v0.2.0 #length #sequences #statistics #metrics #fasta #fastq #file

  29. nu_plugin_bio

    在nushell中解析和操作常见的生物信息学格式

    v0.85.0 #bioinformatics #nushell #nushell-plugin #fasta #data #noodles #file-format

  30. to-trans

    从fasta + GTF/GFF构建高性能转录组

    v0.2.0 #gtf-gff #fasta #gtf #gff #transcriptome #command-line-tool

  31. fasta_windows

    从fasta文件中快速统计信息

    v0.2.4 #fasta #genomics #windows #array

  32. fusta

    利用FUSE界面，透明地操作多FASTA文件作为独立文件

    v1.7.1 #fasta #fuse #bioinformatics #github #mount-point

  33. bamsalvage

    Rust版本的bamsalvage，尽可能从损坏的BAM文件中检索序列

    v0.1.3 #bam #fastq #fasta #long-read #science-bioinformatics

  34. fastx-statistics

    计算类似于fasta文件的基本统计数据

    v1.0.0 #statistics #compute #basic #fastq #fasta #fasta-like

    35. 尝试使用DuckDuckGo搜索。搜索.

  35. faiquery

    使用mmap文件查询可索引的fasta

    v0.1.3 #fasta #indexed #fai

  36. fasta

    用于读取、写入和索引FASTA的工具

    v0.1.3 #索引 #读取 #格式 #操作 #行 #解析器

  37. fffx

    fasta/q/x文件格式解析器。经过良好的模糊测试。

    v0.1.3 #生物信息学 #fasta #fastq #文件格式 #压缩

  38. select-random-fastx

    从 fastx 文件中选择随机条目

    v0.1.1 #随机 #条目 #fastx #fastq #fasta #记录

  39. miniprot-sys

    绑定到 libminiprot

    v0.1.0 #生物信息学 #蛋白质 #fasta #比对 #ffi

  40. rust-gc-count

    GC 和序列工具

    v0.1.0 #fasta #gc #生物 #序列 #wiggle #dna #命令行

  41. syncmers

    查找 syncmers

    v0.1.5 #序列 #fasta #fastq #生物信息学

  42. sfasta

    更好的 FASTA 序列压缩和查询

    v0.3.5 #生物信息学 #fasta #压缩

  43. libsfasta

    更好的 FASTA 序列压缩和查询

    v0.3.4 #fasta #生物信息学 #压缩

  44. mmft

    最小 fasta 工具包

    v0.1.0 #fasta #工具 #工具包

  45. mfqe

    FASTA/Q 读取提取器

    v0.5.0 #读取 #fastq #名称 #提取器 #集合 #fasta #fasta-q

  46. fastix

    重命名前缀的 fasta 记录

    v0.1.0 #fasta #生物信息学 #前缀 #记录 #行 #重命名

  47. vcfverifier

    通过比较 VCF 中的 REF 列与底层 fasta 序列来验证给定的 VCF 是否与给定的 fasta 匹配

    v0.1.1 #fasta #vcf #匹配 #列 #ref #组装 #索引

  48. tarnished

    一个用于测试 fasta 文件中核苷酸百分比的非常简单的 CLI 应用程序

    v0.4.0 #核苷酸 #fasta #tui #计数 #生物信息学

  49. jean_io

    jean 的 I/O 库功能

    v0.1.0 #fasta #rna #dna #蛋白质 #gff3

  50. seqsample

    从 fasta 文件中随机采样序列

    v0.2.0 #fasta #fastq #随机 #采样 #序列

  51. seqsplitter

    根据列表中的标题名称或正则表达式解析 fasta 记录

    v0.1.4 #fasta #fastq #list #regex #names #header #records

  52. count_constant_sites

    计算(FASTA)多重序列比对中恒定位点的案例数量

    v0.1.1 #sequence-alignment #count #constant #sites #fasta #multiple #tool

  53. brrrr-lib

    关于处理生物序列和注释到现代文件格式的工具

    v0.14.0 #parquet-file #file-format #fasta #sequences #convert #modern #annotations