4个版本
0.1.3 | 2023年7月8日 |
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0.1.2 | 2023年1月10日 |
0.1.1 | 2022年10月12日 |
0.1.0 | 2022年10月7日 |
#300 在 生物学 中
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29KB
624 代码行
又是另一个fasta/q/x解析器
虽然...经过充分的模糊测试
基准测试
我不知道这是否正确,但速度足够快。注意:此版本不包括I/O,因为I/O不在本库的范围内(目前如此),因此uniprot作为原始字符串包含在二进制文件中。
Running benches/parse_fasta.rs (target/release/deps/parse_fasta-1e449f5527386a9a)
Parse UniProt SwissProt FASTA File/parse_fasta
time: [54.788 ns 54.922 ns 55.069 ns]
thrpt: [4773329 GiB/s 4786111 GiB/s 4797786 GiB/s]
Found 11 outliers among 100 measurements (11.00%)
4 (4.00%) low mild 4 (4.00%) high mild
3 (3.00%) high severe
变更日志
0.1.3
将bytelines固定到2.2.2以删除tokio/futures依赖项,因为它在这里未使用。
0.1.2
将zlib-ng更改为flate2,仅使用zlib。
lib.rs
:
另一个专注于速度和内存使用的Rust fasta/fastq解析器。经过充分的模糊测试和性能优化。
基本使用的子模块是fasta、fastq。
在zerocopy::下使用的那些稍微节省内存,但以不连续流为代价。
依赖项
~1.5MB
~27K SLoC