noodles

noodles 尝试提供符合规范（如有适用）的用于处理各种生物信息学文件格式的库的实现。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 在 crates.io 上发布。早期版本可以在项目中使用，但请注意，API 仍被视为实验性的。

noodles 按文件格式拆分为多个crate。为了方便，可以在项目的依赖项列表中添加一个名为 noodles 的顶级元crate；并且格式，列在 功能 中。例如，要处理BAM格式，请添加 noodles crate 并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重新导出的名称导入已启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

单个crate可能有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用与 Tokio 的异步I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对 DEFLATE 流进行编码和解码。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个crate可能有它自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。在克隆仓库后，运行 cargo run --release --example 以获取可用示例的列表。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数附加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam