noodles

noodles 尝试提供符合规范（当适用时）的库的实现，用于处理各种生物信息学文件格式。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 发布在 crates.io。早期版本可用于项目，但请注意，API 仍被视为实验性的。

noodles 按文件格式拆分为多个颗粒。为了方便，可以将名为 noodles 的顶级元颗粒添加到项目的依赖项列表中；格式，列在 功能 中。例如，要处理 BAM 格式，请添加 noodles 颗粒并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以导入已启用的每个功能的重新导出名称，例如

use noodles::bam;

功能标志

个别颗粒可能具有可选功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用使用 Tokio 的异步 I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 编码和解码 DEFLATE 流。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个颗粒可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。克隆存储库后，运行 cargo run --release --example 以获取可用示例列表。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数追加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-tabix 处理 tabix 格式 的读写。

Tabix（TBI）是一种索引文件，通常用于允许对随附的

1. bgzip压缩的
2. 制表符分隔的
3. 按参考序列名称分组的
4. 按起始位置排序的

文件进行随机访问。

示例

读取tabix文件

use noodles_tabix as tabix;
let index = tabix::read("sample.vcf.gz.tbi")?;