noodles-fastq 处理 FASTQ 格式的读写。

FASTQ 是一种没有正式规范的文本格式，只有一些实际规则。它通常由一系列记录组成，每个记录有四行：定义（读取名称和描述）、序列、加号行和质控分数。

读取名称以一个 @（at 符号）字符为前缀，并包含一个可选的描述，由空格（ ）或水平制表符（\t）分隔。序列是一系列使用 IUPAC 基因符号编码的碱基。加号行实际上是一个分隔符，有时会重复读取名称和可选的描述，通常会被丢弃。质控分数是一系列 Phred 质控分数（通常但并不保证偏移量为 33）并且与序列中的每个碱基平行。也就是说，每个记录可以像以下这样描述

@<name>[< |\t>description]
<sequence>
+[<name>[< |\t>description]]
<quality scores>

示例

从文件中读取所有记录

use noodles_fastq as fastq;

let mut reader = File::open("sample.fq")
    .map(BufReader::new)
    .map(fastq::io::Reader::new)?;

for result in reader.records() {
    let record = result?;
    // ...
}