noodles

noodles 尝试提供符合规范（当适用时）的库的实现，用于处理各种生物信息学文件格式。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 发布在 crates.io。早期版本可用于项目，但请注意 API 仍被视为实验性的。

noodles 按文件格式拆分为多个 Crates。为了方便，可以将顶级元 Crates 命名为 noodles 并添加到项目的依赖项列表中；格式，列在 功能 中。例如，要处理 BAM 格式，添加 noodles Crates 并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以导入每个启用的功能的重新导出名称，例如

use noodles::bam;

功能标志

各个 Crates 可能具有可使用功能标志启用的可选功能。

• async：使用 Tokio 启用异步 I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对 DEFLATE 流进行编码和解码。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个crate可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。在克隆仓库后，运行以下命令以获取可用示例列表：cargo run --release --example。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数附加到命令中，例如：

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-bcf 处理BCF格式的读写。