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#877解析器实现

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noodles-fasta 处理和读写 FASTA 格式。

FASTA 是一种没有正式规范的非正式规则文本格式。它通常由一系列记录组成,每个记录的第一行是定义,接下来的行是序列。

定义从 >(大于)字符开始,其后直接是参考序列名称。可选地,可以使用空白作为额外描述或序列元数据的分隔符。例如,

 reference sequence name
 | |
>sq0 LN:13
     |   |
     description

序列是代表碱基的字符数组。它通常在任意宽度处硬换行。例如,以下构成了序列 ACGTNACTGG

ACGT
NACT
GG

示例

读取 FASTA 文件中的所有记录

use noodles_fasta as fasta;

let mut reader = File::open("reference.fa")
    .map(BufReader::new)
    .map(fasta::io::Reader::new)?;

for result in reader.records() {
    let record = result?;
    // ...
}

依赖项

~1.4–3MB
~50K SLoC