41 个重大版本更新
0.42.0 | 2024年8月4日 |
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0.41.0 | 2024年7月14日 |
0.40.0 | 2024年6月17日 |
0.35.0 | 2024年3月28日 |
0.2.0 | 2021年7月30日 |
#877 在 解析器实现
5,449 每月下载量
用于 56 个 crate(直接使用6个)
240KB
5.5K SLoC
noodles-fasta 处理和读写 FASTA 格式。
FASTA 是一种没有正式规范的非正式规则文本格式。它通常由一系列记录组成,每个记录的第一行是定义,接下来的行是序列。
定义从 >
(大于)字符开始,其后直接是参考序列名称。可选地,可以使用空白作为额外描述或序列元数据的分隔符。例如,
reference sequence name
| |
>sq0 LN:13
| |
description
序列是代表碱基的字符数组。它通常在任意宽度处硬换行。例如,以下构成了序列 ACGTNACTGG
。
ACGT
NACT
GG
示例
读取 FASTA 文件中的所有记录
use noodles_fasta as fasta;
let mut reader = File::open("reference.fa")
.map(BufReader::new)
.map(fasta::io::Reader::new)?;
for result in reader.records() {
let record = result?;
// ...
}
依赖项
~1.4–3MB
~50K SLoC