noodles

noodles 试图提供符合规范（适用时）的库实现，以处理各种生物信息学文件格式。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

使用方法

noodles 发布在 crates.io。早期版本可以用于项目，但请注意，API 仍然被认为是实验性的。

noodles 根据文件格式分成多个crate。为了方便，可以将顶层元crate命名为 noodles 并添加到项目的依赖列表中；格式，列出为 features。例如，为了使用 BAM 格式，添加 noodles crate 并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重新导出的名称导入每个启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

单个crate可能具有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用使用 Tokio 的异步I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对 DEFLATE 流进行编码和解码。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个crate可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。在克隆仓库后，运行 cargo run --release --example 以列出可用的示例。使用示例名称作为选项参数并将程序参数附加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-gff 处理 GFF3 格式的读写。

GFF（通用特征格式）是一种基于文本的格式，用于表示基因组特征。

示例

读取 GFF3 文件中的所有记录

use noodles_gff as gff;

let mut reader = File::open("annotations.gff3")
    .map(BufReader::new)
    .map(gff::io::Reader::new)?;

for result in reader.records() {
    let record = result?;

    println!(
        "{}\t{}\t{}",
        record.reference_sequence_name(),
        record.start(),
        record.end(),
    );
}