noodles

noodles 尝试提供符合规范（适用时）的库实现，用于处理各种生物信息学文件格式。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 发布在 crates.io 上。早期版本可用于项目，但请注意，API 仍被视为实验性的。

noodles 按文件格式分为多个软件包。为了方便，可以将顶层元软件包 noodles 添加到您项目的依赖列表中；并将格式作为 功能 列出。例如，要处理 BAM 格式，添加 noodles 软件包并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重导出的名称导入已启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

单个软件包可能具有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用与 Tokio 的异步 I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 编码和解码 DEFLATE 流。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个软件包可能都有自己的示例目录，所有示例均可作为应用程序运行。克隆存储库后，运行 cargo run --release --example 以获取可用示例列表。使用示例名称作为选项参数并将程序参数追加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-vcf 处理 VCF 格式的读写。

示例

从文件中读取所有记录

use noodles_vcf as vcf;

let mut reader = vcf::io::reader::Builder::default().build_from_path("sample.vcf")?;
let header = reader.read_header()?;

for result in reader.records() {
    let record = result?;
    // ...
}