noodles

noodles 尝试提供符合规范（适用时）的库的实现，用于处理各种生物信息学文件格式。它目前支持BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix和VCF 4.3/4.4。

使用方法

noodles 发布在 crates.io。早期版本可用于项目，但请注意，API仍被视为实验性的。

noodles 根据文件格式分为多个crate。为了方便，可以将名为 noodles 的顶级元crate添加到项目的依赖列表中；并将格式作为 功能。例如，要使用BAM格式，添加 noodles crate并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重导出的名称导入每个启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

单个crate可能有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用使用 Tokio 的异步I/O。 (BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix和VCF)
• libdeflate：使用 libdeflate 对DEFLATE流进行编码和解码。 (BGZF和CRAM)

示例

每个crate可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。克隆仓库后，运行 cargo run --release --example 以列出可用的示例。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数追加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-refget 是一个refget 2.0客户端。