noodles

noodles 试图提供各种生物信息学文件格式的库的符合规范（当适用时）的实现。目前支持BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix和VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 发布在 crates.io 上。早期版本可以在项目中使用，但请注意，API仍被视为实验性的。

noodles 按文件格式分为多个crate。为了方便，可以将顶层元crate（名为 noodles）添加到项目的依赖列表中；格式，列在 功能 中。例如，要使用BAM格式，添加 noodles crate并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以导入已启用的功能的重新导出名称，例如

use noodles::bam;

功能标志

各个crate可能有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用与 Tokio 的异步I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix和VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对DEFLATE流进行编码和解码。（BGZF和CRAM）

示例

每个crate可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。在克隆仓库后，运行以下命令以获取可用示例列表：cargo run --release --example。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数附加到命令中，例如：

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-htsget 是一个 htsget 1.3 客户端。