noodles

noodles 尝试提供符合规范（当适用时）的库的实现，用于处理各种生物信息学文件格式。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix、和 VCF 4.3/4.4。

使用方法

noodles 发布在 crates.io 上。早期版本可以用于项目，但请注意，API 仍被视为实验性的。

noodles 被分成多个crate，按文件格式划分。为了方便，可以将顶级元crate noodles 添加到项目依赖列表中；格式，作为 功能 列出。例如，要处理 BAM 格式，添加 noodles crate 并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重新导出的名称导入已启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

各个crate可能具有可选功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用与 Tokio 的异步 I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对 DEFLATE 流进行编码和解码。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个crate可能都有自己的示例目录，所有示例都可以作为应用程序运行。克隆仓库后，运行以下命令来获取可用的示例列表：cargo run --release --example。使用示例名称作为选项参数，并将程序参数附加到命令中，例如：

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-gtf 处理基因转移格式（GTF）的读取和写入。