noodles

noodles 尝试提供符合规范的（当适用时）处理各种生物信息学文件格式的库的实现。它目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

用法

noodles 发布在 crates.io。早期版本可用于项目，但请注意 API 仍然被视为实验性的。

noodles 根据文件格式拆分为多个 crate。为了方便，可以将名为 noodles 的顶层元 crate 添加到项目的依赖列表中；并且格式，列出为 features。例如，要使用 BAM 格式，请添加 noodles crate 并启用 bam 功能。

cargo add noodles --features bam

然后可以通过其重导出的名称导入每个启用的功能，例如

use noodles::bam;

功能标志

各个 crate 可能具有可选的功能，可以使用功能标志启用。

• async：启用使用 Tokio 的异步 I/O。（BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF）
• libdeflate：使用 libdeflate 对 DEFLATE 流进行编码和解码。（BGZF 和 CRAM）

示例

每个 crate 可能都有自己的示例目录，并且所有示例都可以作为应用程序运行。在克隆仓库后，运行 cargo run --release --example 以列出可用的示例。使用示例名称作为选项参数并将程序参数附加到命令中，例如

cargo run --release --example bam_write > sample.bam
cargo run --release --example bam_read_header sample.bam

lib.rs:

noodles-util 是用于处理 noodles 的实用工具。