Fasten

一个强大的交错 fastq 文件操作套件。可执行文件可以读取/写入 stdin 和 stdout，并且与交错 fastq 格式兼容。这使得使用 Unix 管道执行流操作变得容易得多。

概要

读取度量

$ cat testdata/R1.fastq testdata/R2.fastq | \
    fasten_shuffle | fasten_metrics | column -t
totalLength  numReads  avgReadLength  avgQual
800          8         100            19.53875

读取清理

$ cat testdata/R1.fastq testdata/R2.fastq | \
    fasten_shuffle | \
    fasten_clean --paired-end --min-length 2 | \
    gzip -c > cleaned.shuffled.fastq.gz

$ zcat cleaned.shuffled.fastq.gz | fasten_metrics | column -t
totalLength  numReads  avgReadLength  avgQual
800          8         100            19.53875
# No reads were actually filtered with cleaning, with --min-length=2

安装

从源安装

Fasten 使用 Rust 编程语言编写。有关 Rust 的更多信息，包括安装和可执行文件 cargo，请访问 rust-lang.org。

下载后，使用 Rust 可执行文件 cargo 如下所示

cd fasten
cargo build --release
export PATH=$PATH:$(pwd)/target/release

所有可执行文件都将位于目录 fasten/target/release 中。

注意：有一些 Makefile 方法可以帮助包括

• make all 以创建以下内容
  • make release 安装快速可执行文件
  • make debug 快速安装可执行文件（尽管可执行文件将不会被优化）
  • make fasten/doc 编译最新文档
• make clean 卸载本地二进制文件

不使用 git 的安装

您还可以使用以下命令直接从 https://crates.io 安装 Fasten

cargo install fasten

关于如何工作的详细信息可以在货物手册中找到，手册地址为 https://doc.rust-lang.net.cn/cargo/commands/cargo-install.html。

通用用法

所有脚本都接受参数，从stdin读取未压缩的fastq格式，并将未压缩的fastq格式打印到stdout。所有配对端fastq文件必须为交错格式，除非使用fasten_shuffle进行去交错。

• --帮助
• --numcpus并非所有脚本都会利用numcpus。（目前尚未实现）
• --paired-end输入读取为交错配对端
• --verbose打印更多状态消息

文档

请参阅 https://lskatz.github.io/fasten/fasten 中的内联文档。

本文档是用以下命令构建的：cargo doc --no-deps

其他文档

• 一些包装脚本在 scripts 页面中注明。

贡献

有关如何贡献的说明可以在 CONTRIBUTING.md 中找到。

Fasten 脚本描述

所有可执行文件都读取和写入fastq格式，除了fasten_convert。

词源

许多脚本都受到fastx工具集的启发，我想制作一个名为fasty的程序，但这个名字已经是生物信息学程序的名字了。因此，我遍历了字母表的其余部分，发现了"N"。因此，这个项目可以发音为"Fast-N"或以表明您通过"fasten"（无声的"T"）来确保您分析的方式。

引用

要引用，请参阅Katz等人，（2024）。Fasten：对fastq文件进行流操作的工具包。开源软件杂志，9（94），6030，https://doi.org/10.21105/joss.06030