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› 关键词 #生物信息学 #FASTA #读取 #序列 #生物 #比对 #k-mer #解析器

#fastq

  1. needletail

    FASTX解析和k-mer方法

    v0.5.1 12万 #k-mer #生物信息学 #fastq #fasta #kmer

  2. rasusa

    随机子采样读取或比对

    v2.1.0 130 #覆盖率 #fastq #生物信息学 #读取输入 #子采样 #命令输出 #比对

  3. seq_io

    快速FASTA、FASTQ和FASTX解析

    v0.4.0-alpha.0 850 #fasta #fastq #数据处理 #生物 #并行处理 #解析器

  4. minimap2

    绑定到libminimap2

    v0.1.20+minimap2.2.28 700 #生物信息学 #fasta #fastq #比对

  5. fasten

    运行fastq文件基本分析的脚本集

    v0.8.3 #fastq #生物信息学 #流式处理 #stdin #stdio

  6. fqkit

    跨平台的fastq文件操作程序

    v0.4.10 310 #fastq #读取 #读取 #生物 #条形码 #hts

  7. kseq

    fasta/fastq格式解析库

    v0.5.3 140 #fasta #fastq #文件路径 #文件I/O #文件格式 #fastx #记录

  8. ontime

    根据时间提取ONT（纳米孔）读取的子集

    v0.3.1 #时间 #生物信息学 #fastq #纳米孔 #格式时间 #文件输入 #日期格式

  9. fastqc-rs

    用Rust编写的针对FASTQ文件的快速质量控制工具

    v0.3.4 190 #fastq #质量 #控制 #统计 #工具 #序列 #结果

  10. seqdupes

    压缩序列重复项

    v0.2.0 #fasta #fastq #重复 #序列 #移除 #压缩 #去重

  11. deepbiop-fq

    Fastq格式的深度学习预处理库

    v0.1.10 1.1K #deep-learning #fastq #data-processing #parquet #arrow

  12. seqsizzle

    一个用于查看FASTQ文件的分页器，允许不同的适配器有不同的颜色

    v0.1.4 #fastq #fuzzy-matching #bioinformatics #pattern-matching #pager #visualization #genomic-sequencing

  13. biotest

    为生物信息学生成随机测试数据

    v0.2.0 160 #random #test #bioinformatics #data #sequence #vcf #fastq

  14. noodles-fastq

    FASTQ格式读取器和写入器

    v0.14.0 4.5K #fastq #sequence #writer #quality #bioinformatics #read #format

  15. bio-streams

    流式生物信息学数据类型

    v0.3.1 #bioinformatics #fasta #fastq #genomics #data-streaming #data-stream

  16. fastx

    以最小开销读取Fasta和FastQ文件

    v0.2.1 #fasta #fastq #bioinformatics #sequencing #genome #low-overhead #fast-q

  17. fastq

    fastq的解析器

    v0.6.0 500 #parser #bio #processing #records

  18. jseqio

    在FASTA或FASTQ格式中读取和写入生物序列

    v0.1.3 #file-format #fasta #fastq #format-file #sequences #bioinformatics #reading

  19. exon-fastq

    为Exon提供FASTQ支持

    v0.31.0 600 #bioinformatics #exon #file-format #fastq #proteomics #local-filesystem #data

  20. minimap2-sys

    绑定到libminimap2

    v0.1.19+minimap2.2.28 700 #bioinformatics #fastq #fasta #alignment #ffi

  21. sabreur

    用于fasta和fastq文件的条形码去重工具

    v0.5.0 #bioinformatics #barcode #demultiplexing #read #fasta #fastq #tool

  22. fastleng

    读取长度统计工具

    v0.2.0 #length #sequences #statistics #metrics #fasta #fastq #file

  23. bio-jtools

    一套用于与高通量测序（HTS）数据交互的生物信息学工具

    v0.2.0 #生物信息学 #fastq #命令行界面

  24. fqgrep

    在给定的参考或替代序列中搜索匹配的fastq文件中的读段

    v1.0.2 #fastq #生物信息学 #匹配 #读段 #序列 #对 #参考

  25. kractor

    基于Kraken2分类，从FASTQ文件中提取读段

    v0.4.0 #fastq #生物信息学 #文件读取 #kraken #宏基因组学 #分类学

  26. fastlin

    用于MTBC谱系分型的超快速程序

    v0.2.1 #分型 #复杂 #fastq #mtbc #谱系 #结核病 #分枝杆菌

  27. bamsalvage

    bamsalvage的Rust版本，尽可能从损坏的BAM文件中检索序列

    v0.1.3 #bam #fastq #fasta #长读段 #科学-生物信息学

  28. ross

    运行fastq文件基本分析的脚本集

    v0.1.7 #fastq #朋友 #生物信息学

    29. 尝试使用DuckDuckGo搜索。搜索.

  29. seqio

    文件读写，支持gzip格式压缩

    v0.1.1 #文件IO #压缩 #gzip #读取 #格式 #读取文件 #fastq

  30. fastx-statistics

    计算类似fasta文件的简单统计数据

    v1.0.0 #统计 #计算 #基本 #fastq #fasta #fasta-like

  31. fastxgz

    用于压缩和非压缩文件的fasta/fastq解析器

    v0.3.0 #压缩 #解析器 #gz #fastq #文件 #读取 #哈希

  32. fffx

    fasta/q/x文件格式解析器。非常健壮。

    v0.1.3 #生物信息学 #fasta #fastq #文件格式 #压缩

  33. select-random-fastx

    从fastx文件中随机选择条目

    v0.1.1 #随机 #条目 #fastx #fastq #fasta #记录

  34. bio-rust

    解析生物信息领域的基本数据结构，提供操纵这些数据的接口和构建一些统计模型。

    v0.1.1 #生物 #fastq #解析器

  35. krakenxtract

    基于Kraken2分类，从FASTQ文件中提取读段

    v0.4.0 #fastq #生物信息学 #宏基因组学 #kraken #分类学

  36. lrdf

    用于从牛津纳米孔FastQ生成dataframe的命令行工具

    v0.2.0 #fastq #dataframe #tsv #command-line #nanopore #commandline #command-line-tool

  37. syncmers

    寻找同步子串

    v0.1.5 #sequence #fasta #fastq #bioinformatics

  38. mfqe

    FASTA/Q 读取提取器

    v0.5.0 #read #fastq #name #extractor #sets #fasta #fasta-q

  39. phcue-ck

    使用运行访问号从ENA获取FASTQ文件的FTP链接的命令行工具

    v0.2.0 #fastq #bioinformatics #ftp #run #ena #links #line

  40. fq-filter-reads

    使用提供的ID列表过滤fastq文件的程序

    v0.1.0 #id #list #fastq #file #record #retaining

  41. seqsample

    从FASTA文件中随机抽取序列

    v0.2.0 #fasta #fastq #randomly #sample #sequences

  42. seqsplitter

    根据头名称或正则表达式列表解析fasta记录

    v0.1.4 #fasta #fastq #list #regex #names #header #records

  43. seqcomplexity

    从FastQ文件计算每个读取和总序列复杂度

    v0.1.2 #fastq #complexity #sequence #total #file #per-read

  44. illumina_coordinates

    解析FASTQ文件中找到的Illumina序列标识符

    v0.9.1 #fastq #sequencing #illumina #bioinformatics #champ

  45. fastq-count

    针对配对数据的fastq读取和碱基计数器

    v0.1.0 #fastq #read #counter #base #paired #data