简单配对数据快速读取和碱基数计数器
作者:Sander Bollen
5 在 #paired
4KB
简单配对数据快速读取和碱基数计数器。
运行计数器非常简单
fastq-count r1.fq r2.fq
Fastq文件可能被gzip压缩。如果是这样,它们的文件名必须以.gz结尾。
.gz
fastq-count返回简单的json,具有以下架构
{ "reads": {"type": "integer"}, "bases": {"type": "integer"} }
MIT
~12MB ~205K SLoC