#fasta #fastq #randomly #sample #sequences

app seqsample

从FASTA文件中随机抽取序列

2个不稳定版本

0.2.0 2023年3月15日
0.1.0 2022年11月14日

#296 in 生物学

MIT许可证

21KB
109 代码行

从FASTA文件中随机抽取

安装

源代码

下载源代码并运行

cargo install

用法

seqsample -n .5 --fasta original.fas --store-background ./background.fas

参数

    -f, --fasta <fasta>
            The input FASTA file (gzip acceptable).

    -h, --help
            Print help information

    -i, --store-background <store-background>
            Write the samples not selected randomly in a separate file.

    -n, --number <number>
            Number of sequences to randomly sample. If the number is less than 1, then it will be
            treated as a percentage of the dataset.

    -V, --version
            Print version information

依赖项

~34–46MB
~798K SLoC