seqdupes

从FASTA文件中移除重复项。支持根据序列内容或标题信息进行过滤。

安装

源代码

下载源代码并运行

cargo install

用法

运行seqdupes来处理FASTA文件。您可以指定是否根据序列或标题进行过滤。

根据序列过滤（默认）

seqdupes -f path/to/sequence.fastq -j path/to/output.json > no_dupes.fas

根据标题过滤

如果您希望根据标题而不是序列来过滤重复项，请使用--by-header标志。

seqdupes -f path/to/sequence.fastq -j path/to/output.json --by-header > no_dupes.fas

参数

工具将输出一个没有重复项的FASTA文件到stdout，并将包含重复项详细信息的JSON文件输出到指定的路径。