序列随机操作套件 - ROSS

使用 Unix 流进行 fastq 文件上的随机操作

安装

ROSS.rs 使用 Rust 编程语言编写。有关 Rust 的更多信息，包括安装和可执行文件 cargo，请访问 rust-lang.org。

下载后，使用 Rust 可执行文件 cargo 如下所示

cd ROSS.rs
cargo build --release

所有可执行文件都将位于目录 ROSS.rs/target/release 中。

通用用法

所有脚本都接受参数，从 stdin 读取未压缩的 fastq 格式，并将未压缩的 fastq 格式打印到 stdout。所有配对末端 fastq 文件必须以交错格式存在，并且它们以 交错格式 编写，除非使用 friends_joey 进行解乱序。

• --帮助
• --numcpus 并非所有脚本都会利用 numcpus。
• --paired-end 输入读取是交错的配对末端
• --verbose 打印更多状态消息

其他文档

• 一些工作流程可以在 one-liners 页面上找到。
• 一些包装脚本可以在 scripts 页面上找到。

Ross 脚本描述

脚本	描述
friends_monica	修剪和清洁一个 fastq 文件。她喜欢清洁。
friends_carol	将任何 fastq 文件转换为标准的每条条目四行格式。Carol 可以帮助你整理。
friends_rachel	打印基本的读取指标。Rachel 会告诉你你看起来有多好。
friends_ung	确定配对末端。丑陋的裸体男人经历了很多审查。
friends_phoebe	随机化读取。Phoebe 完全随机。
friends_emma	组合相同的读取。你知道 Emma 是由双胞胎 Cali 和 Noelle Sheldon 扮演的吗？就像 Full House 中的 Michelle Tanner 一样！
friends_chandler	Kmer 计算。无外部依赖。Chandler 的工作很少被讨论，但他确实...我想说，在会计方面做了一些事情？
friends_ursula	下采样读取。Ursula 是双胞胎，但由同一女演员扮演！
friends_joey	洗牌或解洗牌配对末端读取。Joey 可以社交！
friends_barry	将重叠的配对末端连接在一起。他们可能并不总是喜欢这样，但Barry可以成为朋友朋友之间的连接。
friends_gunther	验证您的读取...以及您
friends_quality_filter	将质量低的核苷酸转换为"N"。
friends_trimmer	对末端平齐的读取进行修剪。
friends_replace	使用正则表达式查找和替换。
friends_regex	使用正则表达式过滤读取。