fastqc-rs

受 fastQC 启发的针对 FASTQ 文件的快速质量控制工具，使用 Rust 编写。结果以包含所有统计数据的自包含 HTML 报告的形式写入 stdout。还可以生成用于 MultiQC 的总结文件。

可用的统计数据包括

• 读取长度
• 序列质量得分
• 每基序列质量
• 每基序列含量
• k-mer 含量
• GC 含量

有关更改的详细列表，请查看 变更日志。

安装

安装 fastqc-rs 有多种方法

Bioconda

fastqc-rs 通过 Bioconda 提供。设置好 Bioconda 后，安装就像这样简单

conda install fastqc-rs

Cargo

如果已安装 Rust 编译器和相关的 Cargo，则可以通过以下方式安装 fastqc-rs

cargo install fastqc-rs

源代码

下载源代码，并在源代码根目录下运行

cargo install

用法

fqc -q path/to/my_sequence.fastq > report.html

参数