fqgrep

在 FASTQ 文件中进行 Grep 搜索。

搜索一对 fastq 文件，寻找与给定参考或替代序列匹配的读段。

安装

从 bioconda 获取

conda install -c bioconda fqgrep

从源代码获取

git clone ... && cd fqgrep
cargo install --path .

用法

fqgrep -r 'GACGAGATTA' -a 'GACGTGATTA' --r1-fastq /data/testR1.fastq.gz  --r2-fastq /data/testR2.fastq.gz -o ./test_out -t 28

帮助

有关用法，请参阅以下内容

fqgrep -h