3 个不稳定版本
使用旧版Rust 2015
0.5.0 | 2019年11月4日 |
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0.4.1 | 2019年6月27日 |
0.4.0 | 2019年6月26日 |
在 生物学 中排名第 305
25KB
293 行
Purpose:
extract one or more sets of reads from a FASTQ (or FASTA) file by specifying their read names.
Usage:
zcat my.fastq.gz |mfqe --fastq-read-name-lists <LIST1> .. --output-fastq-files <OUTPUT1> ..
Read name files are uncompressed text files with read names(without comments).
Output is gzip-compressed, input may or may not be.
Other FASTQ options:
--input-fastq <PATH>: Use this file as input FASTQ [default: Use STDIN]
An analogous set of options is implemented for FASTA:
--fasta-read-name-lists <LIST1> ..
--output-fasta-files <OUTPUT1> ..
--input-fasta <PATH>
依赖项
~4–14MB
~147K SLoC