对齐序列的读取对齐器

小玛法试图对齐或聚类预对齐的生物序列，处理所有序列长度相同的序列。主要用例是通过 SingleM，尽管它可以在没有问题的独立情况下使用以搜索和聚类其他预对齐序列。

安装

通过 bioconda 安装

如果您已安装 bioconda

conda install -c bioconda smafa

通过 Cargo 安装

小玛法可以像安装 Rust 包一样安装。在安装 Rust 之后，可以使用 cargo 安装 smafa

cargo install smafa

使用方法

要运行对齐器，首先使用 smafa makedb 创建数据库，然后使用 smafa query 查询该数据库。要了解如何使用这些模式，可以使用例如 smafa query --help。

帮助

如果您有任何问题或评论，请在该 GitHub 仓库中提出问题，或者直接发送电子邮件给 Ben Woodcroft。

许可证

小玛法由昆士兰科技大学生物医学科学学院微生物组研究中心的 Woodcroft 实验室 开发。它根据 GPL3 或更高版本 许可。

代码可在 https://github.com/wwood/smafa 获取。