16个版本

0.1.19+minimap2.2.282024年6月6日
0.1.18+minimap2.2.272024年3月16日
0.1.16+minimap2.2.262023年9月12日
0.1.14+minimap2.2.262023年7月7日
0.1.6 2022年11月15日

#248 in 生物学

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2 个crate中使用(通过 minimap2

MIT/Apache

760KB
22K SLoC

Rust 10K SLoC // 0.0% comments C 7K SLoC // 0.0% comments JavaScript 4K SLoC // 0.0% comments VB6 793 SLoC Cython 346 SLoC // 0.0% comments Python 110 SLoC // 0.2% comments Perl 29 SLoC Shell 7 SLoC

libminimap2的系统绑定

如果你需要minimap2的底层绑定,请使用此绑定。也支持mm2-fast。

Minimap2版本

同步到minimap2 2.27

重大变更

0.0.18

mm2-fast和minimap2已分叉。在此阶段,mm2-fast不再受支持。请使用先前crate的版本。

特性

  • vendored - 从 vendored minimap2源重新生成绑定。需要安装 llvm。用于将绑定更新到minimap2的不同版本。
  • mm2-fast - 使用 mm2-fast 作为后端而不是minimap2本身。
  • simde - 启用 simde 支持 (SIMD-everywhere)
  • sse - 启用一些sse绑定

TODO

  • 我们能否从pthread中解耦?这将允许Windows和(可能)WASM编译。

变更日志

0.1.18 minimap2.2.27

  • 重新生成绑定
  • mm2-fast和minimap2已分叉

0.1.17 minimap2.2.27

  • 更新到最新的minimap2版本 @jguhlin
  • mm2-fast也收到了一些更新
  • 更新依赖项,重新构建绑定 @jguhlin

0.1.16 minimap2.2.26

  • 多亏了 @Adoni5,跨编译支持有了很大改善

0.1.15 minimap2.2.26

  • 感谢 @leiste375 为 aarch64 编译提供帮助!
  • 更好的静态链接支持

0.1.14 minimap2.2.26

  • 通过回滚到minimap2发布版本修复回归

0.1.13 minimap2.2.26

  • 针对 aarch64 编译的可能修复
  • 更干净的构建系统
  • 早期支持交叉crate进行交叉编译

0.1.12 minimap2.2.26

  • 修复了与SSE2/SSE4...相关的错误

0.1.11 minimap2.2.26

  • 更透明的上游minimap2版本控制
  • 更新minimap2-sys minimap2到发布版2.26
  • 更新minimap2-sys的libc和bindgen依赖项
  • 更好的sse支持。将sse标志重命名为sse2only,默认情况下启用sse4.1(如果检测到)
  • 希望更好的macos、aarch64和NEON支持

0.1.10

  • 修复与编译mm2-fast相关的错误

0.1.9

  • 启用SIMD-everywhere编译支持

0.1.8

  • 更改了zlib的编译方式
  • 依赖项版本更新
  • 添加了SSE编译功能(大部分自动检测)

0.1.7

  • 将 bindgen 功能设为可选
  • musl 构建对 zlib 的支持

依赖

~0.8–2MB
~30K SLoC