RecMap 库（及命令行工具）用于在 Rust 中读取和处理重组图

可以从 HapMap 格式的重组图读取创建一个 RecMap 对象。注意，由于 HapMap 重组格式不包含染色体长度，因此还必须指定它。提供了一个便利函数 read_seqlens 来读取 TSV 格式的“基因组”文件，其中包含染色体名称和长度。

以下是一个示例，它从 HapMap 格式的重组图中加载一个重组图并计算总图长度。

use recmap::prelude::*;
let seqlens = read_seqlens("hg38_seqlens.tsv")
                  .expect("could not read seqlens");
let rec_map = RecMap::from_hapmap("decode_2019_map.txt", seqlens)
                  .expect("cannot read hapmap");

for (name, rate_map) in rec_map.iter() {
    println!("{}\t{}", name, rate_map.total_map_length().unwrap());
}

此示例可以通过命令行运行

cargo run --example  calc_map_lengths --  --seqlens hg38_seqlens.tsv decode_2019_map.txt

当处理重组图时，最常见的任务之一是估计任意标记的图位置，这通常通过线性插值完成。《RecMap》提供了一种简单的方法来对一个位置（RecMap.interpolate_map_position()）以及多个位置进行插值，使用 RecMap.interpolate_map_positions()

use recmap::prelude::*;
let seqlens = read_seqlens("hg38_seqlens.tsv")
                  .expect("could not read seqlens");
let rec_map = RecMap::from_hapmap("decode_2019_map.txt", seqlens)
                  .expect("cannot read hapmap");

let positions = vec![11975064, 15007450];
rec_map.interpolate_map_positions("chr1", &positions);

$ recmap interp --seqlens hg38_seqlens.tsv --hapmap decode_2019_map.txt \
   hg38_1Mb_windows.bed --output decode_2019_map_1Mb_summaries.tsv --header

$ cargo add recmap

$ cargo install recmap --features=cli