一个简单的Rust库，用于按染色体名称索引存储数据

genomap是一个小型库，用于在GenomeMap中存储染色体名称与一些通用数据之间的键值映射。由于在几乎所有情况下我们都需要按名称对染色体进行排序，因此GenomeMap维护一个内部排序键集。GenomeMap使用一个专门的染色体名称排序函数，该函数应正确地排序常染色体、性染色体，处理果蝇染色体名称（例如2L和2R）等。如果排序顺序与您预期不符，请提交GitHub问题。

内部，存储在genomap::GenomeMap<T>中的数据在Vec<T>中，类型维护一个排序的染色体名称列表，以及一个将Vec中的位置与染色体名称相关联的前向和后向查找表。

以下是一个代码示例

use genomap::GenomeMap;

let mut sm: GenomeMap<i32> = GenomeMap::new();
sm.insert("chr1", 1).unwrap();
sm.insert("chr2", 2).unwrap();

// get a reference to a value by name
println!("{:?}", sm.get("chr1"));

// iterate through name/values
for (name, value) in sm.iter() {
   println!("{} -> {}", name, value);
}

// get the index for a chromosome name
let index = sm.get_index_by_name("chr1").unwrap();
assert_eq!(index, 0);

// get a name by index
assert_eq!(sm.get_name_by_index(index).unwrap(), "chr1");

在Rust中，处理非Copy类型，如String染色体名称键，可能需要通用的生命周期注释。这可能会使代码变得混乱，并显著增加复杂性。为了防止这种情况，genomap通过一个usize索引提供O(1)访问，因此可以将染色体名称索引存储在Struct中，而不是存储在String键中。

性能

在benches/comparison.rs中提供了多个创建和访问基准测试。以下是一些基准测试的简要概述。对于创建时间，GenomeMap大约慢20%。但这只会发生一次（绝对规模不重要）。

基因组映射具有第二快的排序访问时间（它内部使用FnvHashMap的哈希函数，但有一个额外的常数查找时间操作）。