#fasta #fastq #生物信息学 #测序 #基因组 #低开销

fastx

FastX 以极低的开销读取 Fasta 和 FastQ 文件

4 个版本

0.2.1 2024 年 1 月 21 日
0.2.0 2023 年 1 月 17 日
0.1.1 2022 年 12 月 10 日
0.1.0 2021 年 6 月 30 日

#139生物学


lrdf 中使用

CC-BY-SA-4.0

16KB
436

FastX

FastX 实现了 Fasta 和 FastQ 的低开销读取器。

let mut fastx_reader = FastX::reader_from_path(Path::new(&filename))?;
let mut fastx_record = FastX::from_reader(&mut fastx_reader)?;

while let Ok(_some @ 1..=usize::MAX) = fastx_record.read(&mut fastx_reader)
{
  println!("{}\t{}", fastx_record.id(), fastx_record.seq_len())
}


依赖关系

~110–255KB