Lib.rs

bam 是一个允许读取和写入BAM、SAM和BGZIP文件的crate，完全使用Rust编写。

为什么？

完全使用Rust编写的crate可以减少依赖项数量和编译时间。此外，它消除了安装额外的C库的需要。

该crate产生的错误更易于阅读，并且更容易实时捕获和修复。

概述

目前，有三个读者和两个写入者

• bam::IndexedReader - 从随机基因组区域获取记录。
• bam::BamReader - 顺序读取BAM文件。
• bam::SamReader - 顺序读取SAM文件。
• bam::BamWriter - 写入BAM文件。
• bam::SamWriter - 写入SAM文件。

BAM读者和写入者具有单线程和多线程模式。

您可以使用 Pileup 从所有读者构建pileups。

您可以使用 bgzip 模块直接与bgzip文件（BGZF）交互。

该crate还允许方便地处理SAM/BAM records及其字段，例如 CIGAR 或 tags。

用法

以下代码将加载BAM文件 in.bam及其索引 in.bam.bai，从 3:600001-700000 取出所有记录，并将它们打印到标准输出。

extern crate bam;

use std::io;
use bam::RecordWriter;

fn main() {
    let mut reader = bam::IndexedReader::from_path("in.bam").unwrap();
    let output = io::BufWriter::new(io::stdout());
    let mut writer = bam::SamWriter::build()
        .write_header(false)
        .from_stream(output, reader.header().clone()).unwrap();

    for record in reader.fetch(&bam::Region::new(2, 600_000, 700_000)).unwrap() {
        let record = record.unwrap();
        writer.write(&record).unwrap();
    }
}

您可以在此处找到更详细的用法。

更新日志

您可以在此处找到更新日志。

问题

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