Nushell 生物信息学

Nushell 的生物信息学插件。此插件将大多数常见的生物信息学格式解析为结构化数据，以便您可以使用 nushell 更有效地使用它们。

快速设置

去获取 nushell，它很棒。假设您已安装了 rust 工具链。然后回来！

# clone this repo
git clone https://github.com/Euphrasiologist/nu_plugin_bio
# change into the repo directory
cd nu_plugin_bio
# build
# it's quite a long compile time...
cargo build --release
# register the plugin
register nu_plugin_bio/target/release/nu_plugin_bio

# see the current file formats currently supported below
# now you can just use open, and the file extension will be auto-detected.

# there are some test files in the tests/ dir.
open ./tests/test.fasta
    | get id

# if you want to add flags you have to explicitly use from <x>
# e.g. if you want descriptions in fasta files to be parsed.

open --raw ./tests/test.fasta 
    | from fasta -d
    | first

后端是一个 noodles 包装器，一个优秀的全 Rust 生物信息学 I/O 库。

目标

旨在支持以下内容

• BAM 1.6
• BCF 2.2
  • bcf.gz
• VCF 4.3
  • vcf.gz
• BED(目前只支持 3)
• CRAM 3.0
• FASTA
  • fa.gz
• FASTQ
  • fq.gz
• GFF3
• GTF 2.2
• SAM 1.6
• GFA 1.0
  • gfa.gz

请注意，由于我们无法访问 nushell 的引擎状态，因此在当前状态下，使用 nu_plugin 的性能可能不是最优的，因此需要将整个数据结构加载到内存中。还需要对大文件进行测试。

更多？

如果您想添加的生物信息学格式，请告诉我，或者添加一个 PR。