faidxquery

在索引 fasta 文件上执行区间查询

描述

这是一个简单的实用库，用于对索引 fasta 文件进行区间查询。

该索引假定 samtools faidx。

fasta 文件是内存映射的，并保留一个单例可变缓冲区用于索引 fasta 读取器。此缓冲区用于返回查询序列的切片引用，但允许非连续序列（即可以返回不带换行的序列）

请注意，由于保留了可变缓冲区，这不是并发操作的最佳方法。

然而，对于单线程应用程序，它具有非常出色的性能，内存和运行时开销低。

用法

use anyhow::Result;
use faiquery::{FastaIndex, IndexedFasta};

fn main() -> Result<()> {
    let index = FastaIndex::from_filepath("example_data/example.fa.fai")?;
    let mut faidx = IndexedFasta::new(index, "example_data/example.fa")?;

    // Query the first 10 bases of chr1
    let seq = faidx.query("chr1", 0, 10)?;
    assert_eq!(seq, b"ACCTACGATC");

    // Query the first 10 bases of chr2
    let seq = faidx.query("chr2", 0, 10)?;
    assert_eq!(seq, b"TTTTGATCGA");

    Ok(())
}

类似方法

其他索引 fasta 读取器也可用，以下是一些非详尽的列表

• faimm
• noodles
• rust-bio

如果您正在寻找强大的并发读取器，我建议使用 faimm crate。