chromsize

厌倦了创建索引和剪切吗？
每次都要寻找那个旧脚本？
有了我，只需获取您的染色体大小。非常快。

但是，这比其他选项好在哪？是的，只需查看下面的图片。

搜索了“从fasta获取染色体大小”，抓取了我找到的每个命令/工具并进行了基准测试。令人惊讶的是，您可能只需等待14秒就可以计算这些染色体大小，真疯狂。

版本 0.0.2 中的新功能？

• 现在支持读取 .gz！
• CI 实现

用法

二进制文件

Usage: chromsize --fasta <FASTA> --output <OUTPUT> [-t <THREADS>]

Arguments:
    -f, --fasta <FASTA>: FASTA file
    -o, --output <OUTPUT>: path to chrom.sizes

Options:
    -t, --threads <THREADS>: number of threads [default: your max ncpus]
    --help: print help
    --version: print version

crate: https://crates.io/crates/chromsize

安装

要安装 Rust 并在您的系统上使用 chromsize，请按照以下步骤操作

1. 获取安装程序：在 Unix 上，请运行 curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh，或前往 此处 了解其他选项
2. 运行 cargo install chromsize（确保在运行之前 ~/.cargo/bin 在您的 $PATH 中）
3. 使用 chromsize 和必要的参数

库

use chromsize;

fn main() {
    let input = PathBuf::new("/path/to/fasta.fa");
    let output = PathBuf::new("/path/to/chrom.sizes");

    let sizes: Vec<(String, u64)> = chromsize::chromsize(&input);
    chromsize::write(sizes, &output)
}

Python

构建端口以将其作为 pkg 安装

git clone https://github.com/alejandrogzi/chromsize.git && cd chromsize/py-chromsize
hatch shell
maturin develop --release

将其用作二进制包装器

import chromsize as cs

input = "/path/to/fasta.fa"
output = "/path/to/chrom.sizes"
cs.write_chromsizes(input, output)

或直接获取它们

import chromsize as cs

input = "/path/to/fasta.fa"
sizes = cs.get_chromsizes(input)

>>> print(sizes)
[
    ('chr1', 123),
    ('chr2', 456),
    ...
]

构建

要从此仓库构建 chromsize，请执行以下操作

1. 获取 Rust
2. 运行 git clone https://github.com/alejandrogzi/chromsize.git && cd chromsize
3. 运行 cargo run --release -- -i <GTF> -o <OUTPUT>