文件操作

• mmft regex -r "<regex>" <fasta(s)> 或 cat <fasta> | mmft regex -r "<regex>". 从一个或多个fasta文件中提取标题与正则表达式匹配的fasta记录。
• mmft extract -r 1-100 <fasta()> 或 cat <fasta> | mmft extract -r 1-100. 从每个fasta记录中提取前100个核苷酸。当然，您可以选择任何范围，使用短横线分隔数字。
• mmft filter -f <file> <fasta(s)>. 提供一个每行一个ID的文本文件，过滤器将提取相应的fasta记录。
• mmft merge <fastas>. 将多个fasta文件合并为相同的记录。
• mmft sample <fasta(s)> -n <N>. 从fasta文件（或fasta文件流）中随机抽取指定数量的记录。

当将数据管道传输到 mmft 时请小心，因为fasta文件不会被单独处理，而是被视为fasta记录的连续体。因此，虽然 mmft n50 1.fasta 2.fasta 分别显示了每个fasta文件的n50，但 cat *.fasta | mmft n50 将计算两个文件合并后的n50。此外，mmft sample 将整个STDIN加载到内存中，因此当管道传输大文件时要小心。

所有输出都将打印到STDOUT。

待办事项

我会在有时间或有需要时添加内容。也许

• 简单模式匹配，返回位置。
• 潜在的开放阅读框（ORF）
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• 测试
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